20211221 - 可视化RNA二级结构-主要是arc diagram
文章目录
- Structure Editor
- 成功 VARNA (基于Java的jar)
- 失败的尝试 - RChie/R4RNA
- 在R中运行Rchie
- 在python中使用Rchie
- 其他包 arc-diagrams
预期的效果图DSSR介绍文档中的图
实际实现的图
缺点:base上面的数字看不清楚
Structure Editor
官方网站
https://www.urmc.rochester.edu/rna/
下载链接 (需要科学上网才能打开)
https://rochester.app.box.com/s/lnjtj4t8vvi18y25x4b9qydz2k5vsvhe
成功 VARNA (基于Java的jar)
官方下载VARNA 的jar包
安装 java running,即 jre
然后选这个文件夹下/bin/java.exe 打开jar上述jar包即可显示窗口
GUI上只能显示这一种图,命令行不指定输出目录,即 -o 参数,则也可以打开GUI显示,但是指定算法的命令不起作用查看相关命令
四种二级结构展示形式,直接输出到文件打开显示
-resolution 110 尝试了多种图像的分辨率,绘制6ZVK, 最多设置成了110,成功运行,换成其他RNA又会报错,即使110,放大图像到极限,也看不清楚base上面的数字
参数algorithm 设置为line算法就可以了
java -cp VARNAv3-93.jar fr.orsay.lri.varna.applications.VARNAcmd -i D:\data\dssr_output\6ZVK\dssr-2ndstrs.dbn -o 6ZVK.png -algorithm line -resolution 50
里面的三种方式都尝试画了一下,以及默认的方式
line
circular
neview
radiate [默认]
失败的尝试 - RChie/R4RNA
网站里面的图很漂亮
该R包的官方使用手册 https://e-rna.org/r-chie/files/R4RNA_manual_2021.pdf
- 首先是 rna-tools 中提到了很多有用的rna工具,其中包括这个绘制二级结构的工具,安装方法
- 安装R语言, RChie 工具
- RChie 下载之后是这样
2.1 根据官方给的命令在R中安装Rchie – 失败
# https://rna-tools.readthedocs.io/en/latest/tools.html#secondary-structure-format-conversion
path_to_file = 'D:\\Program Files\\R\\Rlib\\r-chie\\R4RNA'
install.packages("path_to_file", repos = NULL, type="source")
# Install the optparse and RColorBrewer
install.packages('optparse')
install.packages('RColorBrewer')
2.2 根据另一个博客先安装BiocManager 再直接安装RChie – 成功
install.packages("BiocManager")
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("R4RNA")
browseVignettes("R4RNA")
在R中运行Rchie
- 在R里面运行案例
data(helix) # 报错
4. 传入的参数是什么
bpseq格式文件是三列
ct格式大于4列
个人认为里面应该是输入 A的位置和内容,B的位置和内容
而不能直接处理DSSR生成的文件,另行处理太麻烦了
在python中使用Rchie
如果找到了BiocManager安装的RChie包的安装位置,可以试试2.1的后续教程,用python直接输入原始序列和dot-bracket序列即可作图
其他包 arc-diagrams
看上去也需要另外做转换,如果后续想画更好看的图可以尝试
主要是没有清晰的说明文档,没有继续研究这个工具了
https://github.com/aomader/arc-diagrams
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