Aspera 下载_SRA原始数据下载

Aspera

简介：Aspera是一款高速传输软件，不受文件大小，网络条件等影响，速度比HTP和FTTP协议快数百倍。Windows和Linux系统均可下载使用。

1.Windows下载：浏览器直接搜索Aspera-connect下载浏览器插件。
2.Ubuntu下载：

1.下载Aspera-connec：wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.6.2/aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.tar.gz
2.解压缩：tar zvxf aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.tar.gz
3.运行：sh aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.sh
(此时在home目录下会生成 `.aspera` 的隐藏文件，使用 ls -a 命令可查看)
4.添加环境变量：echo 'export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH' >>~/.bashrc  #正确的添加应该是 vim ~/.bashrc ,然后在最后加上export PATH=“~/.aspera/connect/bin:$PATH”，最后 source ~/.bashrc
5.使其生效：source ~/.bashrc
6.拷贝秘钥文件：cp ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh ~/
7.拷贝协议文件：sudo cp ~/.aspera/connect/etc/aspera-license /usr/local/bin/

Aspera命令行工具的使用：ascp [参数] 目标文件目的地址
ascp常用参数：

-T ---- 取消加密。若不添加此参数，可能会下载不了。 
-i ---- 输入私钥，一般不要少。安装 aspera 后在目录 ~/.aspera/connect/etc/ 下有几个私钥，使用 linux 服务器的时候一般使用 asperaweb_id_dsa.openssh 文件作为私钥。 
-l string ----- 设置最大传输速度，比如设置为 200M 则表示最大传输速度为 200m/s。若不设置该参数，则一般可达到10m/s的速度，而设置了，传输速度可以更高。
-k ---- 断点续传，一般设置为1
-v ---- 可以实时知道程序在做什么，方便查错
-Q --- 一般加上吧
--host=string --- ftp的host名，NCBI的为ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov；EBI的为 fasp.sra.ebi.ac.uk。 
--user=string --- 用户名，NCBI的为anonftp，EBI的为era-fasp。 
--mode=string --- 选择模式，上传为 send，下载为 recv。 
--file-list --- 批量下载SRA文件的路径

二，在SRA数据库中下载数据

简介：SRA数据库是用于存储二代测序的原始数据的数据库。除了原始序列数据外，SRA现在也存在raw reads在参考基因的比对信息。

根据SRA数据产生的特点，将SRA数据分为四类：
Studies-- 研究课题,用前缀ERP或SRP表示
Experiments-- 实验设计,用前缀SRS表示

Runs-- 测序结果集,用前缀SRX表示 Illumina的测bai序仪是以flowcell进行测序的，一般的一张flowcell是一个run，像Hiseq2500的话是2张flowcell，也就是一次运行的测序量。每张flowcell上通常都有多个通道，每个通道可以单独测不同的样品，这样的通道就是lane。Hiseq2500的一张flowcell有8条通道，也就是8个lane。如果上机前使用cbot的话可以每条lane都跑不同的样品，互不干扰，如果直接上机进行快速模式的话就无法区分不同样本了 lane表示测序芯片上的一条流通槽，测序文库与试剂均在里面，测序信号的扫描也是按照一条lane上的一个tile进行。

Samples-- 样品信息。用前缀SRR表示

SRA中数据结构的层次关系为：Studies->Experiments->Samples->Runs

1、使用Aspera获取单个SRA数据：

首先知道SRA数据库数据的存放地址是ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov，使用时加上ftp://或者http://，SRA在Aspera的用户名是anonftp
通过输入上述链接（这是已知accession no.的情况下可以直接查找，不知道accession no.的可以去SRA主页查找）然后逐步定位到需要查找的accession no，获得链接。
以 SRR6208854为例，可以得到链接ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/srainstant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR620/SRR6208854/SRR6208854.sra
将ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov改为anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/注意不要少了：
完整代码如下：

ascp -v -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id _dsa.openssh -T -k 1 -l 200m anonftp@ftp-private.

作者：Lillian李李安
链接：https://www.jianshu.com/p/ba996eb39ab4
来源：简书
著作权归作者所有。商业转载请联系作者获得授权，非商业转载请注明出处。

Aspera 下载_SRA原始数据下载相关推荐

GIS+=地理信息+行业+大数据——纽约公开11亿条出租车和Uber原始数据下载及分析
一览众山小编辑团队原文/ Todd Schneider 翻译/ 沈玮薇陈翚文献/ 蒋理校核/ 众山小编辑/ 众山小排版/ 徐颖 2014-2015 © 转载请注明:源自公众号"一览 ...
GIS+=地理信息+行业+大数据——纽约公开11亿条出租车和Uber原始数据下载及分析...
一览众山小编辑团队原文/ Todd Schneider 翻译/ 沈玮薇陈翚文献/ 蒋理校核/ 众山小编辑/ 众山小排版/ 徐颖 2014-2015 © 转载请注明:源自公众号"一览 ...
linux下载测序数据,利用SRA号从NCBI下载测序原始数据
生物或医学中涉及高通量测序的论文,一般会将原始测序数据上传到公开的数据库,上传方式见测序文章数据上传找哪里:并在文章末尾标明数据存储位置和登录号,如 The data from this study ...
osm数据下载 python_批量下载osm的分区域的osm文件
# coding: utf-8 #!/usr/bin/python # #### http://www.openstreetmap.org 的分区后的osm数据批量下载工具(需要python的requ ...
osm数据下载 python_osm数据下载 python_批量下载osm的分区域的osm文件
# coding: utf-8 #!/usr/bin/python # #### http://www.openstreetmap.org 的分区后的osm数据批量下载工具(需要python的requ ...
android源码下载方法批量下载基于windows os
安装win版的Gitbash, 在这里 http://msysgit.googlecode.com/files/Git-1.6.0.2-preview20080923.exe. 选择默认安装路径(否则 ...
spring原理案例-基本项目搭建 01 spring framework 下载官网下载spring jar包
下载spring http://spring.io/ 最重要是在特征下面的这段话,需要注意: All avaible features and modules are described in the ...
python视频下载-python动态视频下载器的实现方法
这里向大家分享一下python爬虫的一些应用,主要是用爬虫配合简单的GUI界面实现视频,音乐和小说的下载器.今天就先介绍如何实现一个动态视频下载器. 爬取电影天堂视频首先介绍的是python爬取电影 ...
python下载地址-python下载网址
广告关闭 2017年12月,云+社区对外发布,从最开始的技术博客到现在拥有多个社区产品.未来,我们一起乘风破浪,创造无限可能. python下载windows下载windows下载页面https:ww ...

Aspera 下载_SRA原始数据下载

Aspera

二，在SRA数据库中下载数据

根据SRA数据产生的特点，将SRA数据分为四类：
Studies-- 研究课题,用前缀ERP或SRP表示
Experiments-- 实验设计,用前缀SRS表示

Samples-- 样品信息。用前缀SRR表示

1、使用Aspera获取单个SRA数据：

Aspera 下载_SRA原始数据下载相关推荐

最新文章

热门文章

Aspera 下载_SRA原始数据下载

Aspera

二，在SRA数据库中下载数据

根据SRA数据产生的特点，将SRA数据分为四类： Studies-- 研究课题,用前缀ERP或SRP表示 Experiments-- 实验设计,用前缀SRS表示

Samples-- 样品信息。用前缀SRR表示

1、使用Aspera获取单个SRA数据：

Aspera 下载_SRA原始数据下载相关推荐

最新文章

热门文章

根据SRA数据产生的特点，将SRA数据分为四类：
Studies-- 研究课题,用前缀ERP或SRP表示
Experiments-- 实验设计,用前缀SRS表示