使用bcftools对bam文件call vcf

bcftools是samtools附带的一个函数，用bcftools对处理好的bam文件call snps。

#对bam建索引
samtools index ./data/xxx.bam
#对fasta建索引
samtools faidx ./reference/hg38.fa

网上很多教程都是先用samtools mpileup得到bcf文件，再用bcftools call，我试过以后发现好几个参数都过期了，比如

samtools mpileup -uvf re.fa xxx.bam |bcftools call -vm -Oz -o bcftools.vcf.gz
samtools mpileup -ugf re.fa xxx.bam |bcftools call -vm -Oz -o bcftools.vcf.gz
#其中-u，-g，-v都过时了，只有-f参考基因组还能用

后来去samtools官网上查了一下，samtools mpileup 已经要被删除了，而其的对应的功能给了bcftools，即bcftools mpileup

#用bcftools mpileup 得到bcf文件，再用bcftools call 得到vcf文件
bcftools mpileup -Ou -f ./reference/hg38.fa human.bam | bcftools call -vm -Oz > ./bcftools.vcf.gz
#其中-O表示输出类型，b表示压缩的bcf，u表示未压缩的bcf，z表示压缩的vcf，v表示未压缩的vcf

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