诱导契合对接(Induced Fit Docking)
诱导契合对接(Induced Fit Docking)
在半柔性对接中,配体的构象允许发生一定变化。在柔性对接中,受体和配体构象均可发生变化。
打开薛定谔软件中的Induced Fit Docking模块做柔性对接,格点文件会自动生成,此处省去配体准备,以1IEP为例。
柔性对接一般用于精确考虑分子间的识别情况。由于计算过程中体系的构象可以变化,所以计算耗费最大。相比半柔性对接,Nilotinib配体的对接打分在柔性对接中偏高。
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