R| compareGroups一行代码完成组间比较
最近发现一个做人口统计学的R包——compareGroups,(一直很懒,一直在找)基本上实现一行代码。
library(compareGroups) # load compareGroups package
data(predimed) # load example data
head(predimed) # read the first six rows
找了个predimed公开数据演示, 前6行的数据, 连续变量有符合正态分布和非正态的:
一行代码就可以
tab <- descrTable(group ~ . , predimed,hide.no="no", method=c(wth=NA, p14=NA))
group ~ . : 表示的是将group作为分组变量,对data.frame里所有的变量都进行统计。
method 是指定变量的分布, 1指定为正态分布, 2指定为非正态, NA是自动根据Shapiro-Wilks检验来计算正态性。
hide.no用来隐藏某些yes/no分类变量中no的比率。
tab <- descrTable(group ~sex+age+bmi+smoke+htn, predimed, hide = c(sex = "male"), hide.no="no",method=c(Age=NA, bmi=NA), subset=age>60)
如果只选定部分变量分析可在group~添加, 对于AD的研究,性别部分一般只看female的比率, 在hide里可以隐藏male, subset可以根据某个变量范围, 例子中可以只选择age > 60的被试。
CRAN上作者一直保持在更新, 功能也很全面,例如:
show.p.overall = TRUE : 可以计算组间两两比较, 且可以展示多重比较校正后的p值。
method设定NA后,对于非正态连续,median[quantiles], 正态则均值标准差。
可以画分层后的基线特征表。
支持CSV/HTML/LaTeX/PDF/Markdown/Word/Excel输出,export2csv, export2word等等。
.................
使用也有几个局限:
部分期刊对于人口表有特别要求, 可能不一定满足,但是对于多组,多变量的人口表,还是可以节省时间,也不会出错。
descrTable目前好像还不报道estimate和estimate的%95CI, 可能需要摸索下。
这是descrTable所有参数, 有兴趣自行探索。
descrTable(formula, data, subset, na.action = NULL, y = NULL, Xext = NULL, selec = NA, method = 1, timemax = NA, alpha = 0.05, min.dis = 5, max.ylev = 5, max.xlev = 10, include.label = TRUE, Q1 = 0.25, Q3 = 0.75, simplify = TRUE, ref = 1, ref.no = NA, fact.ratio = 1, ref.y = 1, p.corrected = TRUE, compute.ratio = TRUE, include.miss = FALSE, oddsratio.method = "midp", chisq.test.perm = FALSE, byrow = FALSE, chisq.test.B = 2000, chisq.test.seed = NULL, Date.format = "d-mon-Y", var.equal = TRUE, conf.level = 0.95, surv = FALSE, riskratio = FALSE, riskratio.method = "wald", compute.prop = FALSE, lab.missing = "'Missing'", hide = NA, digits = NA, type = NA, show.p.overall = TRUE, show.all, show.p.trend, show.p.mul = FALSE, show.n, show.ratio = FALSE, show.descr = TRUE, show.ci = FALSE, hide.no = NA, digits.ratio = NA, show.p.ratio = show.ratio, digits.p = 3, sd.type = 1, q.type = c(1, 1), extra.labels = NA, all.last = FALSE)
包的参数manual:
https://cran.r-project.org/web/packages/compareGroups/compareGroups.pdf
使用manual:
https://cran.r-project.org/web/packages/compareGroups/vignettes/compareGroups_vignette.html
一个中文的较全面总结:
https://mp.weixin.qq.com/s/WDr9mwsv8--NPLEBjtRiZA
还有几个类似的可做demongraphic info的包: table1, demoGraphic, gtsummary等等
End
﹀
﹀
﹀
欢迎各位分享好用的工具、函数
R| compareGroups一行代码完成组间比较相关推荐
- Python 面试:“一行代码实现 xx”类题目(带答案)
大家好,我是 Rocky0429,一个正在准备面试的蒟蒻- 最近,我被 "一行代码实现 xx" 这类问题疯狂吸引,主要是作为一个能躺着绝不坐着的懒人,代码能少写坚决少写,而且这类问 ...
- 一行代码搞定 R 语言模型输出!(使用 stargazer 包)
引言 使用stargazer包可以将 R 构建的模型结果以LATEX.HTML和ASCII格式输出,方便我们生成标准格式的表格. 再结合rmarkdown,你就可以轻轻松松输出一篇优雅的文章啦~ 本文 ...
- R 一行代码出Cox回归模型的表格
在今天的文章中,将介绍一个函数,实现一行代码出Cox回归模型的表格,作为对前人的缅怀和致敬! 首先,安装和载入相关R包: # 安装 install.packages("gtsummary&q ...
- 再肝一个R包!一行代码绘制精美火山图!
一行代码绘制火山图的R包诞生了!在过去的一年中,师兄先后生信绘图系列和高分SCI复现系列中更新了多种不同的火山图的绘制方法,包括普通的火山图.渐变火山图.以及包含GO通路信息的火山图!但是很多小伙伴反 ...
- 关于一行代码没写完换行\符号的注意
通常我们在C\C++中一行代码写的很长需要换到下一行继续写,在行末加个'\'回车到下一行继续写, 如: printf("\nT%04dCH%02d%01d%04X%08X%04d%d%04d ...
- 抛开约束,增强模型:一行代码提升 ALBERT 表现
©PaperWeekly 原创 · 作者|苏剑林 单位|追一科技 研究方向|NLP.神经网络 本文标题看起来有点"标题党"了,不过所作改动放到 bert4keras 框架 [1] ...
- linux终端打开浏览器_终端可以放电影,一行代码就能实现
打开电脑,按下win+R键,输入cmd,按下回车,你就能看到下方这个命令提示符窗口,简称为黑框. 黑框中有一行提示:C:UsersAdministrator>.C表示C盘,UsersAdmini ...
- 一行代码教你七夕情人节如何告白❤—动漫3D相册(音乐+文字)HTML+CSS+JavaScript
❤ 一行代码教你七夕情人节如何告白-动漫3D相册(音乐+文字)HTML+CSS+JavaScript 七夕是中国的情人节,七夕520情人节也是一个非常适合表白的日子,可以把自己平常害怕说出来的话,在这 ...
- 一行代码就可以替换n个仓储文件
( 且放白鹿青崖间,须行即骑访名山 ) 终于还是要面对这个问题了,一直想着可以逃避它,自从18年就开始纠结这个问题,后来看了DDD,然后也收集了很多的设计思想,发现一个框架除了稳定性,可扩展性以外,易 ...
最新文章
- (方案汇总)批处理中畸形文件夹和畸形文件的创建、访问、删除
- 某小公司:MySQL连环问
- mysql索引能重复吗_mysql重复索引与冗余索引实例分析
- Tone Mapping
- java访问控制度_菜鸡的Java笔记 - java 访问控制权限
- FC网络学习笔记02 -网络配置方法
- 未定义函数或变量_变量提升:JavaScript是顺序执行,为什么变量在定义之前执行不会报错而是报Underfined...
- vb 6 MDI窗体图片自适应源码
- 纯虚函数的一些问题和注意事项
- 基于Springboot的旅游管理系统
- 医疗相关计算机系统,智能医疗信息管理系统
- 自动布局神器 -- ZXPAutoLayout框架的使用
- 小白学六轴传感器MPU6050模块(1)
- [ABAP]批量查询工艺路线
- 北理大编程作业:确定母亲节
- Linux下使用zlib实现文件压缩解压
- 安卓u盘格式化工具apk_你听说过badusb么,我扔个U盘你敢捡么?(文末附阿里云盘最新邀请码)...
- 随机波动率微笑模型及套利
- ISCC2021 wp
- 每日一课 | 如何用Python编写一个Lisp解释器