网站:http://www.qplot.cn:3838/sample-apps/006-CCA_RDA/
RDA分析(Redundancy analysis),即冗余分析,对比主成分分析可以发现,其实冗余分析就是约束化的主成分分析。
RDA或CCA的选择问题:RDA是基于线性模型,CCA是基于单峰模型。一般我们会选择CCA来做直接梯度分析。但是如果CCA排序的效果不太好,就可以考虑是不是用RDA分析。RDA或CCA选择原则:先用species-sample资料做DCA分析,看分析结果中Lengths of gradient 的第一轴的大小,如果大于4.0,就应该选CCA,如果3.0-4.0之间,选RDA和CCA均可,如果小于3.0, RDA的结果要好于CCA。
导入数据:1.丰度表格
2.环境因子
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