ANFD-HLA在不同人群中的频率数据库

2024-06-30 04:02:46

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在研究SNP时，我们有类似1000G，HapMap, Exac 等数据库，提供了不同人群中的频率信息。对于HLA的研究而言，也有存储频率信息的数据库-ANFD。

官网链接如下

http://www.allelefrequencies.net/default.asp

ANFD全称Allel Frequency Net Database, 存储了HLA, KIR，Cytokine, MIC 共4种人类基因组中多态性较高的突变信息，其中记录了allel, haplotype, genotype 3种格式的信息，最关键的是，提供了在不同人群中的频率信息。

1. Allel 在不同人群中的频率

通过该数据库的检索功能，可以查询HLA Allel在不同人群中的频率分布，网址如下

http://www.allelefrequencies.net/hla6006a.asp

Locus指定HLA基因座，Population指定人群，然后点击Search 按钮即可，上述条件的检索结果如下

2. haplotype 在不同人群中的频率

由于HLA基因簇的紧密连锁性，除了单个Allel的频率外，相关单倍型的频率也是需要关注的。官网也提供了检索单倍型的功能，网址如下

http://www.allelefrequencies.net/hla6003a.asp

通过选择构成单倍型的基因组合，然后进行检索。上述条件的检索结果如下

通过ANFD数据库，我们可以方便的得到HLA的Allel和haplotype在人群中的频率信息，除此之外，官网还提供了许多其他的功能，有待进一步的学习和使用。

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