纯吐槽请跳过：最近脑子比较乱，忙的还不是自己喜欢做的东西，还发生了一些事，所以比较丧。之前还给老板保证了若这一年做不出成果就不毕业了，现在想想，只想对自己呵呵。数据还没挖出来，坑倒先挖了一个。反思一下，还是自己太急于求成，对数据理解的不够深，只会跑跑流程，嗯，那就重头来过吧。顺便治治拖延症了，先给自己立个flag：周更！

环境准备

我的是Mac，自带Unix环境。用Mac终端神器homebrew安装anaconda：

brew cask install anaconda

也可以去anaconda官网下载安装包安装。
安装完后在可在terminal敲命令看是否安装成功：

conda -V

conda环境配置与使用

1.conda添加镜像源：

添加清华源：

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

添加bioconda源：（bioconda有很多生物软件！）

conda config --add channels bioconda

查看源是否添加成功：

vim ~/.condarc

2.使用conda管理环境

默认conda使用的是python3.7版本，有时候有些软件需要低版本的python，此时conda的优势就显而易见了。

conda创建其他版本python环境：

conda create -n name python=3.6

name ——你给环境命名

然后，启动这个环境：

conda activate name

或者：

source activate name

退出这个环境：

conda deactivate name

查看你创建的conda环境：

conda info --envs

应用举例：假如我想安装macs2，而macs2只能在python2中运行，此时：

conda建立一个python2.7环境

conda create -n python2.7  python=2.7

启动python2.7这个环境

conda activate python2.7
#或者：
source activate python2.7

此时安装macs2:

conda install macs2

敲入

macs2 -h

有命令，现在可以使用macs2了。但你若退出python2.7环境：

conda deactivate

再敲入，没有macs2 -h，此时不能用了。如果我还想用，怎么办？
这么办：
有三种办法

第一，通过绝对路径执行：
查看我环境变量：

echo $PATH

用绝对路径调用命令：

/Users/cooper/anaconda3/envs/python2.7/bin/macs2 -h

第二，启动python2.7环境

conda activate python2.7

第三，软连接ln （推荐使用！）

ln -s /Users/cooper/anaconda3/envs/python2.7/bin/macs2 -h /usr/local/bin

此时无论在哪，在什么环境都能使用macs2。慢慢体会！

查看mac2：

vim /usr/local/bin/macs2

第一行显示 #!/Users/cooper/anaconda3/envs/python2.7/bin/python

3.删除环境

conda remove -n python2.7 --all

总结 conda安装小技巧

-1 根据软件所用的编程语言确定安装策略

-2 安装conda不要添加到环境变量中，用source activate启动

-3 官方的channel靠后，避免channel之间依赖关系混乱

-4 新建一个或多个安装环境安装生信软件

-5 国内用户利用好清华源镜像

conda安装RNA-seq所需软件

histat2 samtools sra-tools htseq-count fastqc trimmomatics

在base环境下，此时为python3.7环境

conda install samtools sra-tools fastqc trimmomatics

启动python2环境安装htseq:

source activate python2
conda install htseq
#查看htse
htseq-count

安装hisat2:

conda install hisat2

提示错误，hisat2需要的python版本大于3.5小于3.6，当前版本为3.7，解决：

conda create -n python3.5 python=3.5
conda activate python3.5
conda install hisat2
#done!

退出python3.5环境,软连接hisat所有相关命令到全局变量：

conda deactivate
ln -s /Users/cooper/anaconda3/envs/python2.7/bin/hisat*  /usr/local/bin

此时，敲入hisat2能找到命令

The End

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