[转载]学习经验总结（2）xjview学习汇总，一个看脑激活结果的好工具。

(2014-08-09 15:57:09)

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 分类： fMRI-EEG

原文地址：学习经验总结（2）xjview学习汇总，一个看脑激活结果的好工具。作者：study_harvest

张寒老师的总结：其建议将自己的结果数据与ALL，brodmann模板同时打开，在rest 里以yoke形式来观察，具体参见：
http://restfmri.net/forum/node/1794
http://restfmri.net/forum/sites/default/files/how to report result.pdf
http://restfmri.net/forum/sites/default/files/how to report result-2.0.pdf
=====================================
Cuixu等设计的好工具,感谢同门的指导。
网上有相关视频与manual，
其中，zhaoxin的视频里介绍：
1.manual4详细介绍了该xjview的；manual8补充介绍一下新增工具。
2.common是看两个或多个结果图叠加一起看时，显示相同的激活脑区。
3.report会在matlab里导出所有在相应阈值下的激活图。
4.如果觉得report的结果太多，我只想挑几个明显显著的结果看看，激活脑区。那确定好的激活点通过“goto nearest local maxima”“goto global maxima”来确定选定的想看的激活结果，之后点击“slect cluster”。====该操作重复操作N次时，在中间的提示栏里会对应出现“n cluster selected”,之后点击“pick cluster”就会出现相应的激活脑区。  （此点感谢师兄友情指导）
“Number of voxels:”体素的总数。在结果报告的下面的具体的“# voxels  ”的个数总数加起来与底下的可能会有不有一致的时候，因为有时会有重复的的时候。
===============
Rest里也嵌入xjview的结果报告方法，以下摘自rest论坛：http://www.restfmri.net/forum/
问及：
我已经用它得到了所有的clusters及其相应的参数，但是发现有一些cluster很大，并且列出了很多个脑区，我该从这些脑区中怎么做选择？下面附上一个cluster的参数：

Cluster 6

Number of voxels: 1010

Peak MNI coordinate: 9 -69 27

Peak MNI coordinate region: // Right Cerebrum // Occipital Lobe // Precuneus // White Matter // undefined // Cuneus_R (aal)

Peak intensity: 9.248

# voxels    structure

1010 --TOTAL # VOXELS--

536 Right Cerebrum

427 Gray Matter

365 Left Cerebrum

 351 Precuneus

310 Occipital Lobe

304 Parietal Lobe

277 White Matter

273 Limbic Lobe

230 Precuneus_R (aal)

188 Cingulate Gyrus

185 Cuneus

169 Precuneus_L (aal)

155 brodmann area 31

143 Calcarine_R (aal)

129 brodmann area 7

117 Calcarine_L (aal)

109 Inter-Hemispheric

92 Posterior Cingulate

57 Cingulum_Mid_R (aal)

53 Cuneus_L (aal)

53 Cingulum_Post_L (aal)

50 Cingulum_Mid_L (aal)

47 brodmann area 23

45 Cuneus_R (aal)

43 Lingual Gyrus

34 Cingulum_Post_R (aal)

28 brodmann area 17

26 brodmann area 18

25 Paracentral Lobule

22 Frontal Lobe

18 brodmann area 30

18 Lingual_L (aal)

17 brodmann area 5

16 Postcentral Gyrus

11 Lingual_R (aal)

7 Paracentral_Lobule_R (aal)

4 Sub-Gyral

4 Superior Parietal Lobule

4 Temporal Lobe

3 brodmann area 4

2 brodmann area 29

1 brodmann area 24
回复：
首先，看Peak的坐标: 9 -69 27，其所在的脑区是Precuneus或者说Cuneus_R (aal)，结果中必须给出。
其次，看有voxel数量最多的有意义的脑区，左右脑，灰质白质，某个脑叶，如果不是特殊研究，一般不说，这里voxel数量最大的是Precuneus
基于以上两点，Precuneus应该是这个团块的主要脑区。
另外，如果你对某个脑区非常关注，也可以在结果中给出，比如对后扣带感兴趣，根据文章的需要也可以讨论，但并不是结果的主要脑区。

peak点的脑区在第一行会列出，应该报告。另外，该cluster内voxel数较多的的脑结构，也应该报告。

再问：
1、如果遇到下面这种的cluster：
Cluster 16
Number of voxels: 27
Peak MNI coordinate: 9 -72 51
Peak MNI coordinate region: // Right Cerebrum // Parietal Lobe // Precuneus // White Matter // undefined // Precuneus_R (aal)
Peak intensity: -4.5604

Cluster 17
Number of voxels: 21
Peak MNI coordinate: 18 -48 60
Peak MNI coordinate region: // Right Cerebrum // Parietal Lobe // Precuneus // Gray Matter // brodmann area 7 // Parietal_Sup_R (aal)
Peak intensity: -4.8224
这两个cluster有什么不同？要两个一起报出来吗？还是选择一个报？
2、类似于下面这样的Cluster
Cluster 1
Number of voxels: 256
Peak MNI coordinate: -12 -90 -42
Peak MNI coordinate region: // undefined // undefined // undefined // undefined // undefined // undefined
Peak intensity: -6.5132
# voxels structure
256 --TOTAL # VOXELS--
191 Left Cerebellum
191 Cerebellum Posterior Lobe
134 Cerebelum_Crus2_L (aal)
61 Uvula
53 Tuber
39 Pyramis
29 Cerebelum_Crus1_L (aal)
22 Inferior Semi-Lunar Lobule
16 Declive
我又该如何报？只报Cerebellum Posterior Lobe是不是就可以了？

回复：1. 在结果列表中列出来，不做详细讨论。
2. 手动看看-12 -90 -42在什么位置，然后给出结果。如果确实无分区名称，结果列表中peak点所在脑区的名称可以空出。不过这个坐标看起来是在脑脊液上吧，建议还是要仔细分析下结果。

问题：本人刚使用rest,但是使用alphasim矫正后的结果报告看不明白，如下是clustesize 13, p<0.001报告中，Peak MNI coordinate region中各个脑区的出现的含义?undefined是什么意思？ voxels structure下脑区出现的含义？总之，究竟是哪些脑区有显著性差异？
麻烦各位帮忙解答！可以的话，能否附上cluster size的具体含义和理解? 谢谢！
Cluster 1

Number of voxels: 38

Peak MNI coordinate: -42 -66 -27

Peak MNI coordinate region: // Left Cerebellum // Cerebellum Posterior Lobe // Declive // undefined // undefined // Cerebelum_Crus1_L (aal)

Peak intensity: -7.0423

# voxels structure

38     --TOTAL # VOXELS--

38     Left Cerebellum

38     Cerebellum Posterior Lobe

30     Cerebelum_Crus1_L (aal)

24     Declive

12     Tuber

5     Cerebelum_6_L (aal)

3     Cerebelum_Crus2_L (aal)

2     Uvula

Cluster 3

Number of voxels: 22

Peak MNI coordinate: 24 42   6

Peak MNI coordinate region: // Right Cerebrum // Frontal Lobe // Sub-Gyral // White Matter // undefined // undefined

Peak intensity: -5.9345

# voxels structure

22     --TOTAL # VOXELS--

21     Right Cerebrum

20     Frontal Lobe

13     Frontal_Sup_R (aal)

12     White Matter

11      Superior Frontal Gyrus

9     Gray Matter

8     brodmann area 10

5     Middle Frontal Gyrus

2     Medial Frontal Gyrus

2     Sub-Gyral

1     Limbic Lobe

1     Anterior Cingulate

1     Frontal_Sup_Medial_R (aal)
回答：Peak MNI coordinate region中各个脑区：是该坐标从大到小的区域所属，以及BA和AAL分区之类的。
undefined是在该级别的分区中，没有定义该体素。
voxels structure下是指该团块中，有多少体素属于后面描述的结构区域。

老师，您好，我想请教一下关于双样本t结果校正后，report统计脑区的问题，如：

Cluster 4
Number of voxels: 118
Peak MNI coordinate: -9  27  -18
Peak MNI coordinate region:  // Left Cerebrum // Frontal Lobe // Medial Frontal Gyrus // White Matter // undefined // Rectus_L (aal)
Peak intensity: 4.6705
# voxels    structure
118       --TOTAL # VOXELS--
115       Left Cerebrum
114       Frontal Lobe
61       White Matter
46       Gray Matter
43       Inferior Frontal Gyrus
43       Rectus_L (aal)
30       Frontal_Inf_Orb_L (aal)
28       Medial Frontal Gyrus
22       brodmann area 11
22       Frontal_Sup_Orb_L (aal)
16       brodmann area 47
13       Rectal Gyrus
13       Sub-Gyral
12       Frontal_Mid_Orb_L (aal)
8       Middle Frontal Gyrus
8       brodmann area 25
6       Subcallosal Gyrus
3       Orbital Gyrus
1       Caudate_L (aal)
1       Limbic Lobe
1       Frontal_Med_Orb_L (aal)
我想报AAL和BA对应的脑区，统计为
               激活脑区                                          BA    像素             坐标         峰值
              Inferior Frontal Gyrus L Medial Frontal Gyrus L    11     12     （-9，27，-18）    4.6705

这样合适吗？疑问是
1.   Inferior Frontal Gyrus L和Medial Frontal Gyrus都不在AAL90个脑区内，是可以这样表示吗？老师您建议怎样统计比较好？
2.  根据生成的report，具体选择哪个脑区有没有什么参考的标准？我是依据体素从大到小选择一个觉得比较有讨论意义的脑区来统计的。
希望得到老师的解答，谢谢您！

关于双样本t检验，校正后report的统计

 这个表仅供参考用。peak点坐标在 Rectus，应该报 Rectus或者orbitofrontal cortex。经常会遇到一个cluster延伸到几个脑区，这样，我建议报告 Rectus, extending to...（加上延伸到的脑区）。只报告11个体素是不对的，这样，读者会误认为这个cluster的体积只有11个体素。另外，最后的报告中，我建议体积用立方毫米，而不用体素数目，因为不同的研究中，体素的大小可能是不同的。

臧老师，谢谢您的答疑，针对上面这个例子
1. 我报RetusFrontal_Inf_Orb_L (aal)Medial Frontal Gyrus，这样峰值脑区加延伸脑区可以吗？
2. 像素是不是应该报118，这个簇的大小比较合适呢？
3. 在统计的过程中还有会碰到比如

Cluster 9

Number of voxels: 53

Peak MNI coordinate: -18 45 24

Peak MNI coordinate region: // Left Cerebrum // Frontal Lobe // Superior Frontal Gyrus // White Matter // undefined // Frontal_Mid_L (aal)

Peak intensity: 7.1833

# voxels    structure

53       --TOTAL # VOXELS--

53       Left Cerebrum

53       Frontal Lobe

48       White Matter

32       Frontal_Sup_L (aal)

32       Superior Frontal Gyrus

19       Medial Frontal Gyrus

7       Frontal_Mid_L (aal)

5       Gray Matter

4       Frontal_Sup_Medial_L (aal)

3       brodmann area 9

2       Sub-Gyral

2       brodmann area 10
这里峰值在Frontal_Mid_L （aal），但是Frontal_Mid_L (aal)只有7个体素，如果遇到团块比较小的话，需要报像Superior Frontal Gyrus团块比较大的脑区吗？
谢谢臧老师！

个人理解：Superior Frontal Gyrus应该也要报告。这个团块虽然峰值在Frontal_Mid_L，但应该也有很大一部分在Superior Frontal Gyrus。你可以在图像上再确认一下。

首先谢谢严老师不辞辛苦的回答我的提问。在用xjview生成结果表格时我遇到问题，请严老师指教。
我看文献上FC的表格内容多是脑区名称，brodmann分区，体素数目，坐标，T值，Z值（组内）等等。下面是我的一个CLUSTER，请您教我怎么从中得到上面各项数据。
Cluster 1
Number of voxels: 453
Peak MNI coordinate: -6 -48 0
Peak MNI coordinate region: // Left Cerebellum // Cerebellum Anterior Lobe // Culmen // undefined // undefined // Cerebelum_4_5_L (aal)
Peak intensity: -4.4623
# voxels structure
453 --TOTAL # VOXELS--
192 Limbic Lobe
167 Posterior Cingulate
147 White Matter
144 Left Cerebrum
132 Right Cerebrum
110 Calcarine_L (aal)
105 Cerebellum Anterior Lobe
101 Culmen
100 Gray Matter
76 Right Cerebellum
71 Calcarine_R (aal)
45 Cerebelum_4_5_R (aal)
44 Vermis_4_5 (aal)
43 brodmann area 30
38 Occipital Lobe
35 Inter-Hemispheric
29 Cerebelum_4_5_L (aal)
29 Left Cerebellum
28 Extra-Nuclear
28 Sub-lobar
27 Precuneus
27 brodmann area 29
25 Precuneus_L (aal)
24 Precuneus_R (aal)
23 Sub-Gyral
21 Parahippocampa Gyrus
20 Temporal Lobe
19 Lingual_L (aal)
16 Right Brainstem
14 brodmann area 23
12 Cerebelum_3_R (aal)
12 Lingual_R (aal)
9 Pons
8 brodmann area 31
7 Midbrain
6 Vermis_3 (aal)
6 Cuneus
5 Fusiform_R (aal)
5 Fusiform Gyrus
4 Parietal Lobe
4 Lingual Gyrus
4 ParaHippocampal_R (aal)
4 Corpus Callosum
3 brodmann area 35
1 brodmann area 18
1 brodmann area 19
1 brodmann area 20
具体问题：① 您说峰值区要选，那排第一的“192 Limbic Lobe”是不是就是峰值脑区，如果是，那坐标就是“Peak MNI coordinate: -6 -48 0”，T值就是“Peak intensity: -4.4623”对吗？脑区名称有了，体素数目有了，坐标有了，T值有了，但brodmann分区，Z值（组内）怎么得到？？；② 您说体素大的也要选，那这几个“167 Posterior Cingulate
147 White Matter
144 Left Cerebrum
132 Right Cerebrum”都选呢还是只选一个，有没有什么标准？如果选至“144 Left Cerebrum”那它的脑区名称叫“左脑”？？ 体素数目“144”，但brodmann分区，坐标，T值，Z值（组内）怎么得到？
请严老师教我，多谢。

1. 192 Limbic Lobe 只是指有192个体素位于Limbic Lobe，峰值点不一定在内。
峰值点要看Peak MNI coordinate region: // Left Cerebellum // Cerebellum Anterior Lobe // Culmen // undefined // undefined // Cerebelum_4_5_L (aal)
这里面Cerebellum Anterior Lobe更细一些。可以报告。
其他如你所述。
Z值？不知道你指的什么。
2. 你的团块真是太大。Posterior Cingulate应该报。White Matter，Left Cerebrum， Right Cerebrum都太大太泛，应该往下报告指向明确的区域。看起来你的这个团块大部分不在BA分区里面，可能是太多白质了。最多的BA30也只有43个体 素。
坐标，T值，Z值（组内）怎么得到？--见你的第一问。

1、对不起，我没有说请楚。我做的是FC，看有文献报告显著脑区的“组内Z值”，可能就是FISHER-Z变化后的Z值吧，他是怎么得到的呢？
2、那“Cerebellum Anterior Lobe，Posterior Cingulate”脑区的坐标是不是都是“Peak MNI coordinate: -6 -48 0”呢？如果不是，那上面两脑区的坐标用不用分别报告？谢谢

这个Z值不能由Fisher's r-to-z 这个Z变化获得。
http://restfmri.net/forum/Programs_YAN
1. Program for converting T/F/R statistical image to Z statistical image. y_TFRtoZ.m
可能对你有用。但一般来说，报告T值完全是可以的。
1. 报Z还是T都可。Z没有自由度，便于不同研究之间比较，好像比较好些。Z可以做fisher Z变换得到。
2. “脑区的坐标”没有这种说法，脑区很大，跨越很多坐标。这个cluster不管跨越了几个脑区，都是在-6 -48 0达到peak点的。
建议查看最大，次大，第三大peak点。

我也要请教严老师一个问题：我已经用它得到了所有的clusters及其相应的参数，但是发现有一些cluster很大，并且列出了很多个脑区，我该从这些脑区中怎么做选择？下面附上一个cluster的参数：
Cluster 1
Number of voxels: 4982
Peak MNI coordinate: 3 -78   6
Peak MNI coordinate region:  // Right Cerebrum // Occipital Lobe // Cuneus // Gray Matter // brodmann area 18 // Calcarine_R (aal)
Peak intensity: 15.2169
# voxels structure
 4982 --TOTAL # VOXELS--
 2564 Occipital Lobe
 2263 Right Cerebrum
 2101 White Matter
 1803 Left Cerebrum
 1567 Gray Matter
 1358 Cuneus
  706 Precuneus
  664 Lingual Gyrus
  581 Calcarine_L (aal)距状回
  581 Limbic Lobe
  527 Parietal Lobe
  518 Calcarine_R (aal)
  458 Lingual_R (aal)舌回
  453 brodmann area 18
  423 Cerebellum Anterior Lobe
  416 Lingual_L (aal)
  401 Culmen
  386 brodmann area 19
  382 Cuneus_L (aal)楔回
  376 Posterior Cingulate
  355 Sub-Gyral
  354 Cuneus_R (aal)
  321 Occipital_Sup_L (aal)枕上回
  315 Right Cerebellum
  283 Occipital_Sup_R (aal)
  273 Left Cerebellum
  226 Temporal Lobe
  203 brodmann area 7
  189 Parahippocampa Gyrus
  186 Precuneus_R (aal)楔前叶
  184 Sub-lobar
  174 Fusiform_R (aal)纺锤体
  166 brodmann area 30
  165 Cerebellum Posterior Lobe
  163 Inter-Hemispheric
  136 Declive
  125 Extra-Nuclear
  120 Cerebelum_4_5_L (aal)
  119 brodmann area 31
  116 Occipital_Mid_R (aal)枕中回
  110 Cerebelum_4_5_R (aal)
  102 Fusiform_L (aal)
  101 Precuneus_L (aal)
  101 brodmann area 17
   84 Middle Occipital Gyrus
   80 Vermis_4_5 (aal)
   79 Cerebelum_6_L (aal)
   75 Fusiform Gyrus
   63 Cerebelum_6_R (aal)
   47 Corpus Callosum
   44 Middle Temporal Gyrus
   40 Occipital_Mid_L (aal)
   40 Lateral Ventricle
   40 Cerebro-Spinal Fluid
   35 Parietal_Sup_R (aal)
   31 brodmann area 29
   25 brodmann area 23
   25 ParaHippocampal_R (aal)
   21 Thalamus
   20 Vermis_6 (aal)
   20 Vermis_8 (aal)
   19 brodmann area 37
   18 Parietal_Sup_L (aal)
   17 Thalamus_R (aal)丘脑
   14 Superior Occipital Gyrus
   14 Vermis_7 (aal)小脑蚓部
   13 Pyramis
   12 Uvula
   11 Cerebelum_8_L (aal)
   11 Culmen of Vermis
    8 Cerebelum_Crus1_L (aal)
    7 brodmann area 36
    7 ParaHippocampal_L (aal)海马旁回
    6 Declive of Vermis
    5 Cerebelum_Crus1_R (aal)
    5 Midbrain
    5 Superior Parietal Lobule
    5 Vermis_3 (aal)
    5 Right Brainstem
    4 Ventral Posterior Lateral Nucleus
    4 Cerebelum_Crus2_L (aal)
    3 Cingulum_Post_R (aal)
    3 Cerebellar Lingual
    3 Temporal_Mid_R (aal)颞中回
    3 Hippocampus_R (aal) 海马
    2 Mammillary Body
    2 brodmann area 27
    2 Pulvinar
    2 Nodule
    2 Tuber of Vermis
    2 Pyramis of Vermis
    2 Cerebelum_8_R (aal)
    2 Ventral Posterior Medial Nucleus
    2 Cerebelum_Crus2_R (aal)
    1 Cingulum_Post_L (aal)
    1 brodmann area 39
    1 Medial Geniculum Body
    1 Angular Gyrus
 这个团块确实很大，是单样本T检验？
从表上看起来，主要集中在
Cuneus，Precuneus， Lingual Gyrus， PCC，还延伸到Parahippocampa Gyrus和fusiform等一些区域。你用图像看是这样吗？

接上面问：谢谢了，PCC（中文是什么意思啊？），还有如果要列一个表的话，那些数据需要列出来呢？
PCC是后扣带回。
如果列表用于发表文章，这个团块实在是太大了，如超赣所说，如果是单样本t检验，或许没有必要列这么详细，大致说一下主要的脑区就可以了，甚至不需要列表。

======

如果我们做了alphasim后，该如果报告结果呢，

有人问：老师，你好！我也遇到了类似的问题，我做完相关后得到了两个文件，分别为R IMAG 和R HDR文件，那我用rest里的Slice viewer看结果，那用Slice viewer看结果的时候，选P=0.05，那Cluster size选多大呢？也是选54吗？

回答：
你好，Cluster size的选择是根据AlphaSim的结果来定，参考http://afni.nih.gov/afni/docpdf/AlphaSim.pdf
如果你关注的是全脑，可以参考Sliceviewer提供的Cluster size的表格，在Misc -> Correction thresholds by AlphaSim下面。
这里，具体参照你的rmm, 平滑核，每个voxel的p值来选择Cluster size的大小。比如rmm=4，平滑核是4，每个voxel的p值是0.05的时候，校正到0.05的Cluster size是54个voxel。

====================

脑科学论坛也有些讨论：

http://52brain.com/forum.php?mod=viewthread&tid=17683&from=portal

就是我还有一个问题，比如这个地方矫正后了是针对cluster大小的报告，那么在结果呈现中（report）出来的那些脑区前面都有一个voxel的个数，这个怎么报告呢？选择脑区的依据是什么呢？
> Cluster 10
  Number of voxels: 11
  Peak MNI coordinate: -27         30.8           34
Peak MNI coordinate region:  // Left Cerebrum // Frontal Lobe // Middle Frontal Gyrus // Gray Matter // brodmann area 9 // Frontal_Mid_L (aal)
>
> Peak intensity: 2.0568
> # voxels    structure
>     11       --TOTAL # VOXELS--
>     11       Frontal Lobe
>     11       Left Cerebrum
>      8       Frontal_Mid_L (aal)
>      8       White Matter
>      7       Middle Frontal Gyrus
>      3       Sub-Gyral
>      3       Frontal_Sup_L (aal)
>      3       brodmann area 9
>      3       Gray Matter
>      1       Superior Frontal Gyrus
 发表于 2012-11-25 10:30:05 关于这个报结果的问题，最好是自己对解剖知识掌握的好，根据peak点自己看。要是根据xjview来报的话，你这个团块一共是11个voxel，根据 Peak MNI coordinate region:  // Left Cerebrum // Frontal Lobe // Middle  Frontal Gyrus // Gray Matter // brodmann area 9 // Frontal_Mid_L (aal)，peak点是Frontal_Mid_L (aal)，这个肯定要报，然后是里面团块较大而且有意义的团块： Middle  Frontal Gyrus。我觉得就报额中回就好了

ilsh 发表于 2012-11-29 02:41:51 我是xjview开发者，解答一下这个困惑吧。
1. 报告出来的区域并不是互相排斥的（就是这些区域有重合的）。比如上面的例子，共11个voxel，其中11个在前脑，11个在左脑。“前脑”和“左脑”并不排斥。这些区域是根据不同的标准分的。
2. 这些区域的排序时根据voxel数目排序的，因此并不代表下面的区域在上面的区域的里面。因此Middle Frontal Gyrus并不在“white matter"里面。
3. 11个voxel，8个在white matter，8个在Middle Frontal Gyrus，这个很正常，因为一部分的Middle Frontal Gyrus就是white matter。
4. 7个voxel在Middle Frontal Gyrus并不少，我不认为评审会因此发难。当然，你也可以报Frontal_Mid_L (aal)

多谢老师解答，我还想问下比如一个cluster跨越岛叶和颞上回，两个区域包含的voxel都挺多，但是只报颞上回一个peak点，我的岛叶还要不要报，peak点怎么找
ilsh 可以同时报两个区域，这种情况也很常见。不要把peak看得太重，fmri噪音大，peak有很大随即性。

谢谢cui xu 老师,我还想个问题，比如alphasim校正的clusters是12个达到p<0.05的水平，报一个cluster一共有20个 voxel，peak点在ACC，但是在这列结果中ACC只占11个voxel，那我是报11个体素吗？这样不就低于校正水平了吗？还是我报这整个 cluster的体素数
ilsh 报20个voxel，说peak在ACC。

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