植物微生物组文章目录(181123)
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- 统计
- 绘图
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- 实验分析
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本文“植物微生物组”公众号原创，ID: plantmicrobiome
作者：植物微生物组
原文链接：植物微生物组公众号
植物微生物组文章目录
组内文章
- 中科院遗传发育所揭示水稻全生育期根系微生物组的变化规律
- Nature Methods: 史上最权威宏基因组软件评估—人工重组宏基因组基准数据集
- Giga Sciences: 植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析
- 中科院院刊：中国微生物组计划—农作物微生物组综述 导读版 完整版
- Annu. Rev. Genet：植物微生物组综述—系统性见解与展望
- Nature：植物微生物组功能研究 评论 导读 技术解读 1培养组学 2细菌基因组测序 3人工重组微生物群落
- Plant J：细菌挥发性物质和光合信号激活低铁响应途径
文献精读
- FEMS Microbiology Reviews:如何从微生物网络中的“毛线球”理出头绪上 中 下
- PNAS: 干旱延缓高粱根系微生物组的建成并富集革兰氏阳性菌
- Nature综述：人类微生物培养以及培养组学
- Nature：全球表层土微生物组群落结构和功能
- 微生物的社交网络 - 营养缺陷型如何塑造复杂群落
系列教程
- Markdown编写云笔记
- Editplus编辑远程文件
- MarkdownHere排版公众号
统计
- R语言数据处理和变换——dplyr（1）
- 生物科学中的数据分析Data Analysis for the Life Sciences
- R统计简介
- 零假设和概率分布Null Hypothesis and Probability Distribution
- 群体、样本、估计和统计功效Populations, Samples, Estimates and Power
- 中心极限定理和t分布Central Limit Theorem and t-distribution
- 置信区间和效应大小Confidence Intervals and Effect Size
- 功效计算Power calculation
绘图
- GraphPad Prism —— 简单又好用的生物数据统计绘图软件
- AI科研绘图（一）：零基础入门和基本图形绘制
- AI科研绘图（二）：模式图的基本画法
- AI科研绘图（三）：排版
- 使用ggpubr包添加p值和显著性标记
宏基因组
- 宏基因组入门理论以及分析环境的部署
- KneadData质控宏基因组数据
- HUMAnN2 - 宏基因组代谢通路分析
- Megahit宏基因组测序数据的拼接
- 基因注释Prokka、Prodigal
- 非冗余基因集构建——cd-hit对注释的基因进行聚类
- Salmon进行基因组定量
文章泛读
组会文献
- PNAS-2018-玉米根际的大规模田间重复研究确定可遗传的微生物
- Cell综述：人类肠道菌群-从关联到调控上 中 下
- PBio-2018：如何设计可预测植物表型的微生物组
- PNAS-2018-病原菌在植物免疫下的转录组
- PNAS-2018-根系分泌物香豆素调控微生物群落结构并促进植物健康
- 水稻微生物组 PNAS 2015
- Nature：人类肠道微生物组的肠型
- Nature：肠道菌群代谢物调节肠道与免疫
- Microbiome：肠道菌群失衡促进高血压
- Microbiome：HiSeq平台16S扩增子方法
- Microbiome：重新定义“卫生”的概念
- Microbiome：微生物组研究中优化方法和规避误区
- Microbiome：宏蛋白质组揭示健康人肠道菌群功能
- Cell：大肠癌耐化疗药，细菌是帮凶
- Nature：FimH拮抗物选择性抑制尿路致病性大肠杆菌
- Comment：研究微生物，只靠多组学根本不够
- 1003个微生物基因组数据发布
- Science：王二涛组发现植物-真菌互作新机制
- Gut-2018-早期肝癌肠道生物标志物鉴定
- 中国微生物组计划-香山科学会议
工作效率
- Endnote X8云同步：家里单位实时同步文献
- 网络打印机安装教程：HP LaserJet Pro MFP M226dw
实验分析
- 16S扩增子分析经验
- 微生物测序样本准备方法总结
- 扩增子、宏基因组测序问题集锦
- 微生物组相关软件导读
- 细菌基因组测序常见问题
- 16s rDNA数据分析经验
组内新闻
- 2018年全国“遗传·发育”研究生学术论坛
- 18年新年晚会节目成功卫冕 & 全所科普微生物改变世界
- 17年11月活动：宏基因组技术专题、乒乓球赛、趣味运动会和健步走
- 博后王鑫在奥森10km计时赛成绩位列Q1
- 新人欢迎贴(2)：向杰平,陈永森,赵学博,刘子轩
- 植物微生组33天受邀原创-诚邀同行分享经验
- 新人欢迎贴(1)：王超博士、秦媛硕士
- 植物微生物组公众号成立
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中国农业大学生物学院徐凌课题组主要从事植物微生物组的多样性和功能研究,挖掘微生物组与宿主植物间的互作机制,探索微生物组促进植物营养高效利用及提高逆境抗性的应用.现因工作需要,课题组拟招聘博士后研究人员 ...
- Microbiome：中科院微生物所蔡磊组揭示病害影响植物微生物组群落构建与功能适应...
病害影响植物微生物组群落构建与功能适应 Disease-induced changes in plant microbiome assembly and functional adaptation M ...
- Nature会议：驾驭植物微生物组(21年10月22-24，在线，优惠截止9月24日)
Nature会议:驾驭植物微生物组 Harnessing the Plant Microbiome 会议主页:https://conferences.nature.com/PlantMicrobiom ...
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