openmm源码配置

官方说明文档：

http://docs.openmm.org/latest/userguide/library.html#compiling-openmm-from-source-code

注意GCC版本，如果过低（<=4.9）则从第3步源码配置gcc开始。

1. CMake配置（openmm使用的是cmake3.1）

因为无root权限在wh的集群上<https://blog.csdn.net/supinyu/article/details/80286186

wh的用户位置在：~/.bash_profile 文件里面

2. 相关平台安装以Doxygen为例：

(1)Doxygen官方说明：http://www.doxygen.nl/download.html

但是make编译的时候报错了，贼气；换第二种安装办法

(2) 源码安装法：

https://www.cnblogs.com/Mr--Yang/p/6338095.html因为没有root权限，安装的时候注意在./configure --prefix <安装目录>

然后问题又来了，mmmp

查看了一下确实没有，追究其原因是GCC编译器太老了，其动态编译库没有更新。https://blog.csdn.net/ZX714311728/article/details/69628836

行！那我自己配GCC算了。

3. gcc配置

各个版本下载地址http://ftp.tsukuba.wide.ad.jp/software/gcc/releases/

同样苦命的娃儿，没得root权限：https://blog.csdn.net/OliverkingLi/article/details/89645710?depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task&utm_source=distribute.pc_relevant.none-task

唉，注意配置的时候，在~/.bashrc 或者~/.bash_profile中的写法

export PATH=/path/to/software/gcc/bin:/path/to/software/gcc/lib64:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/software/gcc/lib64/:$LD_LIBRARY_PATH

gcc的动态库在lib64中，设置环境变量LD_LIBRARY_PATH时一直看人家设的lib一直错，唉，真愁人。

通过ldd 查看生成的可执行文件，当发现libc.so.6=>等后面的文件目录变成自己的才是真的安装成功。

然后从第一步配置cmake重新开始。

终于不再报错了。实在是感人，然而新的问题又出现了：

目测还等重新装一遍Swig，mmmmp

4. swig安装

wget http://prdownloads.sourceforge.net/swig/swig-4.0.1.tar.gz
tar -zxvf swig-4.0.1.tar.gz
cd swig-4.0.1
mkdir swig-4.0.1
./configure --prefix=/path/swig-4.0.1/swig-4.0.1
make
make install
vim ~/.bash_profile
export PATH=/path/swig-4.0.1/swig-4.0.1/bin:$PATHswig -version
#4.0.1   安装成功

。。。。

5.配置CUDA

然后ccmake的时候依旧出错了，，，CUDA_CUDA_LIBRARY_NOTFOUND，真要命

一个解决方案：https://github.com/floydhub/dl-docker/issues/50，https://github.com/opencv/opencv/issues/6577

看样子是没有NVIDIA驱动的原因，

，，，，

尝试失败，，，，

其他参考：

https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/11674780.html

https://itbilu.com/linux/management/NymXRUieg.html

https://blog.csdn.net/chdhust/article/details/41206511?depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task&utm_source=distribute.pc_relevant.none-task

https://blog.csdn.net/stpeace/article/details/47069215

https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/11674780.html

https://www.cnblogs.com/Mr--Yang/p/6338095.html