实验记录 | BWA的安装

官网简介：http://bio-bwa.sourceforge.net/

BWA is a software package for mapping low-divergent sequences against a large reference genome, such as the human genome. It consists of three algorithms: BWA-backtrack, BWA-SW and BWA-MEM. The first algorithm is designed for Illumina sequence reads up to 100bp, while the rest two for longer sequences ranged from 70bp to 1Mbp. BWA-MEM and BWA-SW share similar features such as long-read support and split alignment, but BWA-MEM, which is the latest, is generally recommended for high-quality queries as it is faster and more accurate. BWA-MEM also has better performance than BWA-backtrack for 70-100bp Illumina reads.

下载地址：https://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/
版本：0.7.17
下载之后，直接解压到指定的工作目录下即可。
是以tar.bz2结尾的文件，所以使用tar -xjf指令。
tar -xjf bwa-0.7.17.tar.bz2
解压之后，进入解压后的文件夹，对其进行安装。
cd bwa-0.7.17
make
安装完成。
重命名文件夹bwa-0.7.17为bwa。
配置环境变量。
sudo vi ~/.bashrc
在文件中添加bowite2的系统安装路径：

export PATH="/home/zxx/workplace/bwa:$PATH"
保存。
source ~/.bashrc

在任意路径下输入bwa
得到屏显：

Program: bwa (alignment via Burrows-Wheeler transformation)
Version: 0.7.17-r1188
Contact: Heng Li lh3@sanger.ac.uk
Usage: bwa [options]
Command: index index sequences in the FASTA format
mem BWA-MEM algorithm
fastmap identify super-maximal exact matches
pemerge merge overlapping paired ends (EXPERIMENTAL)
aln gapped/ungapped alignment
samse generate alignment (single ended)
sampe generate alignment (paired ended)
bwasw BWA-SW for long queries
shm manage indices in shared memory
fa2pac convert FASTA to PAC format
pac2bwt generate BWT from PAC
pac2bwtgen alternative algorithm for generating BWT
bwtupdate update .bwt to the new format
bwt2sa generate SA from BWT and Occ
Note: To use BWA, you need to first index the genome with bwa index'. There are three alignment algorithms in BWA:mem’, bwasw', andaln/samse/sampe’. If you are not sure which to use, try bwa mem' first. Pleaseman ./bwa.1’ for the manual.

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