VEP 注释工具 Ubuntu 安装

屡次尝试后的vep高效安装方式如下：

Note VEP官网：https://asia.ensembl.org/info/genome/variation/index.html

curl -L -O https://github.com/Ensembl/ensembl-vep/archive/release/92.zip
unzip 92.zip
cd ensembl-vep-release-92/
apt-get update
#Note ：修改INSTALL.pl 的$BIOPERL_URL，原网址已经不存在。改为http://www.cpan.org/authors/id/C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-1.6.924.tar.gz
apt-get install bioperl #prepare
perl INSTALL.pl --NO_HTSLIB
#Note：接下来 准备数据库，以b37为例：
wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-92/variation/VEP/homo_sapiens_merged_vep_92_GRCh37.tar.gz
tar xzf homo_sapiens_merged_vep_92_GRCh37.tar.gz
cp -r homo_sapiens_merged/ cache/
#Note:接下来可以运行input=/l3bioinfo/test-data/NA12878.HC.snps.indels.VQSR.vcf.gz
outfile=NA12878.HC.snps.indels.VQSR.vep.vcf.gz
/opt/ensembl-vep-release-92/vep -i ${input} -o ${outfile} --offline --vcf --merged --hgvs --force_overwrite --everything --compress_output gzip  --fasta /opt/ref/ucsc.hg19.fasta --dir_cache /opt/ensembl-vep-release-92/cache/GRCh37/ --fork 16

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