经过前面七步的质控，现在的数据集（Table 1）已经可以正式的开始关联分析的主要步骤了。

Table 1：进行关联分析的数据集。

文件名	内容信息
HapMap_3_r3_13.bed	实验所有个体及对照的基因型信息
HapMap_3_r3_13.fam	个体及对照的谱系关系、性别和表型信息
HapMap_3_r3_13.bim	SNPs的位置信息
covar_mds.txt	MDS生成的10个协变量

此步骤主要包括三个内容：关联分析、统计学检验和结果可视化。

一、关联分析

1、搭建工作环境

为了和文章结构保持一致，将工作目录做如下修改：

cd /{your directory}/GWAs/
#修改分析主工作目录名

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