unet脑肿瘤分割_[论文代码]UNET++pytorch实现+环境安装+代码解释+brats2018脑肿瘤二维分割,UNetpytorch,Brats2018,2D...

原始的代码:

链接

我修改后的代码: 链接

1、env 环境的安装

windows10 64 bits、nvidia驱动、CUDA8.0、cudnn、anaconda

打开命令窗口, 分别输入以下指令:

conda create -n NestedUnetTorch python=3.6

conda activate NestedUnetTorch

pip install simpleitk

pip install opencv-python==3.4.2.16

pip install scipy

pip install scikit-learn==0.20

pip install scikit-image==0.14

conda install numpy mkl cffi

安装pytorch,选择与cuda版本对应的进行安装,参考链接如下:

链接

conda install torchvision -c pytorch

conda install Pillow=6.1

conda install tqdm

报错: ImportError: cannot import name '

_validate_lengths

', 由于numpy版本过高,升级下

pip install -U scikit-image

即可

conda install pandas

2、datasets 准备数据

脑肿瘤数据集

BraTs2018

链接：https://pan.baidu.com/s/1Ry41OVl9VLOMzhQQR9qXuA

提取码：qvmo

将其

切片

,并按以下格式要求放进工程目录的

input

里面:

├── images

| ├── 0a7e06.jpg

│ ├── 0aab0a.jpg

│ ├── 0b1761.jpg

│ ├── ...

└── masks

├── 0a7e06.png

├── 0aab0a.png

├── 0b1761.png

├── ...

3、train.py 训练

3.1 完善代码:

1、代码缺了如下内容,在开头加入:

from sklearn.externals import joblib

import pandas as pd

2、此外,我这里切片后的image和mask的位数都为8位.所以导致skimage.io.imread读入的图片的shape都是两个通道,而代码中的transpose((2, 0, 1))是需要三个通道才能执行,否则

axes don't match array in pytorch

报错.修改的办法就是在image = image.transpose((2, 0, 1))之前加入如下代码使得它变为三个通道.

image = image[:,:,np.newaxis]

3.2 运行代码:

即input/下的那个名字.

NestedUNet 即UNet++.

--image-ext即输入原始图片的格式;--mask-ext即输入标签图片的格式.

python train.py --dataset --arch NestedUNet --image-ext jpg --mask-ext png

4、test.py 训练

python test.py --name _NestedUNet_wDS

unet脑肿瘤分割_[论文代码]UNET++pytorch实现+环境安装+代码解释+brats2018脑肿瘤二维分割,UNetpytorch,Brats2018,2D...相关推荐

ITK系列24_ 区域增长(孤立连接)算法对脑部PNG图像进行二维分割
孤立连接接下来的例子阐述了 itk::IsolatedConnectedImageFilter 的用法 . 这个滤波器是itk::ConnectedThresholdI ...
ITK系列20_ 区域增长(OTSU算法)对PNG图像进行多阈值二维分割
实例20 OTSU算法对PNG图像进行多阈值二维分割 #include "itkOtsuMultipleThresholdsCalculator.h"//包含头文件#include ...
ITK系列28_ 区域增长(置信连接)对PNG向量图像进行二维分割
向量图像中的置信连接这个例子阐述了应用在含有向量像素类型的图像中的置信连接的用法.对向量图像执行的置信连接在类itk::VectorConfidenceConnected 中.标量版本和向量版本之间 ...
enet分割_论文阅读 | CVPR 2016 | 语义分割论文: ENet
论文源址:https://arxiv.org/abs/1606.02147 tensorflow github: https://github.com/kwotsin/TensorFlow-ENet ...
取得数组下标_《零基础C++入门教程》——（8）搞定二维数组与循环嵌套
一.学习目标了解二维数组的使用方法了解循环嵌套的使用方法目录预备第一篇,使用软件介绍在这一篇,C++与C使用的软件是一样的,查看这篇即可:<零基础看得懂的C语言入门教程>--(二) ...
log4j按天生成且有按照文件大小分割_论文阅读TGM：轨迹生成
这篇论文提出了一种能够保证 -differential privacy 的轨迹生成机制TGM.TGM包括两个阶段,他们首先运用图像生成算法来对数据进行编码并能准确地捕捉到运动目标轨迹的统计数据,之后T ...
ieee期刊_论文绘图神器来了：一行代码绘制不同期刊格式图表，哈佛博士后开源...
贾浩楠发自凹非寺量子位报道 | 公众号 QbitAI 「一篇论文投多个期刊,每个期刊对图表格式要求不一,同一组数据要用多种工具分别绘图.」不光是你,哈佛大学天文研究所的博士后,也不堪忍受论文 ...
enet分割_[论文笔记] 图像语义分割——ENet（ICLR 2017）
[论文笔记] 图像语义分割--ENet(ICLR 2017) bluestyle • 2019 年 05 月 03 日介绍 Motivation: 移动应用上的实时像素级语义分割是一个重要的问题,然 ...
python工程代码语法_python编码环境安装与基本语法
一.pycharm的基本使用 1.python以及pycharm的安装 python的版本选择:3.x版本就行 pycharm的版本选择:社区版就够用 pycharm只是一个编写工具,python才是 ...

unet脑肿瘤分割_[论文代码]UNET++pytorch实现+环境安装+代码解释+brats2018脑肿瘤二维分割,UNetpytorch,Brats2018,2D...

unet脑肿瘤分割_[论文代码]UNET++pytorch实现+环境安装+代码解释+brats2018脑肿瘤二维分割,UNetpytorch,Brats2018,2D...相关推荐

最新文章

热门文章