gromacs 选区用法
gromacs 选择部分
gromacs make_index -f em.gro -n index.ndx
name 25 XXX
重新给25group 命名
del 26
删除26group
选择蛋白中的102号残基的OE1原子
1 & r 102 & a OE1
这里要注意ri 与r 区别,ri 代表的是用l list residues 后的残基,编号从1开始
而r 代表的是你的pdb 文件中残基的编号
例如选择自己的PDB文件中的残基41-48
r 41-48
计算残基之间的最小距离
(1) 先用make_ndx命令生成index文件:
gmx make_ndx -f md.tpr -o index.ndx
(2) 这里选择某蛋白第11个氨基酸的H原子和36位氨基酸的O的距离:
选择原子:r 11 & a H 回车 r36 & a O 回车 q(退出)
(3) 用mindist计算最小距离:
gmxmindist -f md_0_1_noPBC.xtc -s md_0_1.tpr -n index.ndx -od dist.xvgr
选择刚刚选择的两个原子所在的组,如两者分别在第18和19组的话进行如下操作:
18回车 19回车 按ctrl-D退出
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