Prokka：从安装到使用的那些坑!!!

2024-05-25 16:17:51

先安装conda，再安装Prokka

Conda安装：

conda安装与使用 - 知乎 (zhihu.com)

1.使用mamba安装Prokka，报错：

报错1：mamba install...: File not valid : file size doesn't match expectation

报错2：RuntimeError: Multi-download failed

解决方法：别纠结了，直接用 conda install + 模块名就好，我用mamba总是出现报错TUT

2.第一次使用Prokka，出现报错：

Can't locate Bio/Root/Version.pm in @INC (you may need to install the Bio::Root::Version module)

解决方法：安装Bioperl 【Perl】如何安装Bioperl模块？ - 简书 (jianshu.com)

采取上文作者推荐的直接使用conda安装，按照作者的代码将模块加入环境即可

3.使用prokka --setupdb，报错：

Prokka needs makeblastdb 2.2 or higher.

解决方法：先安装了blast，但是安装之后仍然出现同样的报错，就在github上搜到了解决方法，即

先创建一个conda小环境，这里创建名为prokka的小环境，然后再在先环境中安装Prokka

conda create -n prokka
conda install -c bioconda prokka

参考：Prokka needs makeblastdb 2.2 or higher... · Issue #572 · tseemann/prokka (github.com) 的第二个回答

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