Upset plot的R实现

Upset plot可以将共同出现的变量排列成集合，并展示它们的频率的柱状图。诀窍在于，它试图让你很容易看到组成集合的元素。弥补了种类太多而Venn图展示不充分的局限性。

特点主要有：

使用感知上有效的视觉编码，也就是说，使之容易准确地阅读数据。
不仅要使交叉点可视化，还要使交叉点的组合可视化（例如，涉及两个特定集合的所有交叉点）。
可视化关于交叉点的属性。有趣的不仅仅是一个交叉点的大小，我们还想知道与交叉点相关的数据是否不同或相似。

在R中可以UpSetR实现

安装

Install the latest released version from CRAN

install.packages("UpSetR")

Download the latest development code of UpSetR from GitHub using devtools with

devtools::install_github("hms-dbmi/UpSetR")

例子

movies <- read.csv( system.file("extdata", "movies.csv", package = "UpSetR"), header=T, sep=";" )
mutations <- read.csv( system.file("extdata", "mutations.csv", package = "UpSetR"), header=T, sep = ",")

Movie数据集由GroupLens实验室创建，由Bilal Alsallakh策划，突变数据集最初由TCGA联盟创建，代表了多形性胶质母细胞瘤队列中100个突变最多的基因。

upset(movies,attribute.plots=list(gridrows=60,plots=list(list(plot=scatter_plot, x="ReleaseDate", y="AvgRating"),
list(plot=scatter_plot, x="ReleaseDate", y="Watches"),list(plot=scatter_plot, x="Watches", y="AvgRating"),
list(plot=histogram, x="ReleaseDate")), ncols = 2))

upset(mutations, sets = c("PTEN", "TP53", "EGFR", "PIK3R1", "RB1"), sets.bar.color = "#56B4E9",
order.by = "freq", empty.intersections = "on")

一个使用两组查询（战争电影和黑色电影）的例子，以及比较平均评分（顶部）和平均评分与电影被观看次数（底部）的属性图。

upset(movies, attribute.plots=list(gridrows = 100, ncols = 1,
plots = list(list(plot=histogram, x="AvgRating",queries=T),
list(plot = scatter_plot, y = "AvgRating", x = "Watches", queries = T))),
sets = c("Action", "Adventure", "Children", "War", "Noir"),
queries = list(list(query = intersects, params = list("War"), active = T),
list(query = intersects, params = list("Noir"))))

更详细绘图方案可参见：Chapter 8 UpSet plot | ComplexHeatmap Complete Reference (jokergoo.github.io)

Reference：

Upset Plots | R-bloggers

Visualizing Intersecting Sets (jku-vds-lab.at)

GitHub - hms-dbmi/UpSetR: An R implementation of the UpSet set visualization technique published by Lex, Gehlenborg, et al..

http://www.nature.com/nmeth/journal/v11/n8/abs/nmeth.3033.html

如果要使用UpSetR包，需要引用 :

Jake R Conway, Alexander Lex, Nils Gehlenborg UpSetR: An R Package for the Visualization of Intersecting Sets and their Properties doi: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx364

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