slurm安装配置_Slurm任务调度系统部署和测试(源码)(1)
1. 概述
slurm任务调度系统,主要应用在HPC集群资源管理和任务调度。具体信息参见slurm官方网站:https://slurm.schedmd.com/
部署Slurm任务调度系统,需要部署NTP内网时间同步服务器,LDAP全局认证服务器,Mysql数据库服务器
本篇博客主要记录如何部署和使用slurm任务调度系统。
1.1 节点信息
节点主机名
操作系统
主机地址
主机角色
node11
centos6.5_x86_64
192.168.10.11
主控制器
node12
centos6.5_x86_64
192.168.10.12
备控制器
node13
centos6.5_x86_64
192.168.10.13
数据存储主控制器
node14
centos6.5_x86_64
192.168.10.14
数据存储备控制器
node15
centos6.5_x86_64
192.168.10.15
MySQL数据库服务器
2. 节点准备
本篇博客的节点,均有已经部署好NTP和LDAP服务客户端的node11克隆,减少部署过程的繁琐。
KVM克隆虚拟机,参见博客《KVM虚拟机管理——虚拟机克隆.md》
博客园地址:https://www.cnblogs.com/liwanliangblog/p/9193910.html
根据博客内容指导,很容易克隆出其他几台虚拟机,提供slurm任务调度环境部署和测试。
3. 部署NTP服务器
4. 部署LDAP服务器
5. 部署Munge认证服务
6. 部署Mysql数据库服务
7. 部署slurm
7.1 创建slurm用户
需要创建slurmadmin全局用户,用于运行slucrmctld和slurmdbd;
slurmd因为负责节点的状态,因此需要root权限,不需要创建;
同样在LDAP中创建slurmadmin用户
参见博客:《LDAP-openldap服务部署和测试(YUM安装).md》
博客园地址:https://www.cnblogs.com/liwanliangblog/p/9193916.html
7.2 挂载全局文件系统
在前面的博客中提到,把虚拟机console的/usr/local,作为全局共享目录,通过NFS文件系统实现共享。
在虚拟机console上,需要启动NFS共享。编辑/etc/exports,内容如下图所示:
执行命令:exportfs -r,使得配置的内容生效,通过"exportfs"查看配置是否生效
执行命令:pdsh -a "yum -y install nfs-utils rpcbind",安装挂载NFS需要的软件包
执行命令:pdsh -a "service rpcbind start",开启rpcbind服务,否则挂载会报错
执行命令:pdsh -a "mount -t nfs 192.168.10.8:/usr/local /usr/local",对节点进行NFS文件系统挂载
执行命令:pdsh -a "df -h | grep -w local",对挂载情况进行检查
7.3 slurm下载
从slurm官方网站下载最新版本slurm,下载地址为:https://www.schedmd.com/downloads.php
本篇博客主要部署两个版本
slurm-16.05.3.tar.gz 该版本已经被官网废弃,本篇博客因为工作需要继续使用
slurm-17.11.7.tar.bz2 截至博客更新时的最新版本
7.4 编译安装
因为规划在node15上部署了MySQL数据库(虚拟机console并未部署MySQL),而在编译slurm时,需要使用到mysql_config,因此需要在node15上进行编译
将slurm-16.05.3.tar.gz拷贝至node15,然后解压,编译,安装
解压
执行命令:tar -zxvf slurm-16.05.3.tar.gz -C /tmp;
YUM安装依赖环境
执行命令:yum -y install libgnomeui-devel readline-devel curl-devel
进入目录,配置configure
执行以下命令:
./configure \
--prefix=/usr/local/globle/softs/slurm/16.05.3 \
--sysconfdir=/usr/local/globle/softs/slurm/16.05.3/etc \
--localstatedir=/var \
--enable-pam \
--enable-memory-leak-debug \
--enable-front-end --enable-salloc-kill-cmd \
--enable-simulator \
--enable-multiple-slurmd \
--with-pam_dir=/lib64 \
--with-zlib \
--with-rrdtool \
--with-mysql_config=/usr/lib64/mysql/ \
--with-munge=/usr/local/globle/softs/munge/0.5.12/ \
--with-ssl \
--with-libcurl
注:上述部分--with选项,实际并没有编译。通过查看config.log的WARNING可以确认是否安装。mysql_config指定的是mysql_config的路径,而非文件
编译安装
执行命令make进行编译,执行命令make install进行安装
创建配置文件目录
上述过程完成后,可以在/usr/local/globle/softs/slurm下查看已经安装的目录,但是此时该目录下并没有etc,log,state等目录,因此需要手动创建
执行命令:mkdir etc log state;
修改目录属性:chmod 777 log
拷贝配置文件模板
在源码目录下的etc目录中,存放着配置文件的模板文件
执行命令:cp slurm.conf.example cgroup.conf.example slurmdbd.conf.example /usr/local/globle/softs/slurm/16.05.3/etc/
8. slurm配置
8.1 配置slurm.conf
编辑slurm集群主配置文件:/usr/local/globle/softs/slurm/16.05.3/etc/slurm.conf
笔记内链:《slurm.conf系统初始配置.md》
博客园地址:https://www.cnblogs.com/liwanliangblog/p/9201624.html
8.2 配置slurmdbd.conf
编辑slurm集群数据库主配置文件:/usr/local/globle/softs/slurm/16.05.3/etc/slurmdbd.conf
笔记内链:《slurmdbd.conf系统初始配置.md》
博客园地址:https://www.cnblogs.com/liwanliangblog/p/9201634.html
8.3 配置cgroup.conf
编辑slurm集群cgroup机制配置文件:/usr/local/globle/softs/slurm/16.05.3/etc/cgroup.conf
笔记内链:《cgroup.conf系统初始配置.md》
博客园地址:https://www.cnblogs.com/liwanliangblog/p/9201639.html
8.4 配置数据库和测试
本篇博客前面部分已经在虚拟机node15上创建了MySQL数据库。
8.4.1 node15创建数据库并授权
在node15上,执行:mysql -uroot -p,输入密码进入数据库系统
创建数据库:create database slurm_acct_db;
授权node13访问:grant all privileges on slurm_acct_db.* to 'slurmadmin'@'192.168.80.13' identified by 'liwanliang';
授权node14访问:grant all privileges on slurm_acct_db.* to 'slurmadmin'@'192.168.80.14' identified by 'liwanliang';
刷新授权表:flush privileges;
8.4.2 测试连接
在node13和node14节点,分别进行MySQL数据库的连接。这要求node13和node14必须安装了mysql软件包。
在node13和node14上,分别执行:rpm - qa |grep mysql查看是否安装mysql软件包。若未安装,执行:yum -y install mysql安装
在node14和node14上,分别执行:mysql -h 192.168.80.15 -uslurmadmin -p,输入密码进行数据库连接测试。
进入数据库之后,执行:show databases;查看是否存在slurm_acct_db数据库,验证数据库授权是否正确。
9. slurm启动
9.1 启动数据库存储服务slurmdbd
可以采用slurmdbd -vvvvDDDD,进行调试启动,查看是否启动过程中有无错误。若无错误,可以以绝对路径的方式启动进程。
slurmdbd存在主备节点,node13作为slurmdbd主节点。若配置文件中未配置slurmdbd的备份节点,则在node14上无法启动slurmdbd。
如需启动,需要修改配置文件。
注:在线使用过程中,如果修改了slurmdbd.conf配置,可以通过sacctmgr reconfig重新加载配置文件。前提是配置文件不能够出现错误,否则会造成当前在线的服务over
9.2 注册集群信息
在启动控制器slurmctld之前,需要将slurm.conf中配置的slurm集群名称添加到数据库中。
否则会在启动slurmctld时,提示未注册集群。
执行命令:/usr/local/globle/softs/slurm/16.05.3/bin/sacctmgr add cluster myslurm,根据提示输入y即可在slurmdbd中,注册集群名称
验证。执行命令:/usr/local/globle/softs/slurm/16.05.3/bin/sacctmgr show cluster,即可查看当前注册的slurm集群信息。
9.3 启动控制器slurmctld
在节点node11上,执行命令:slurmctld -vvvvDDDD,进行调试启动,查看启动过程中是否存在错误,若无错误,则可以后台启动。
在节点node12上,执行同样的命令,即可启动slurmctld的备份控制器。具体使用和测试,参见《Slurm任务调度系统部署和测试(源码)(2).md》。
注:在线使用过程中,如果修改了slurmctld.conf配置,可以通过scontrol reconfig重新加载配置文件。前提是配置文件不能够出现错误,否则会造成当前在线的服务over
10. 错误及解决
10.1 未安装编译器
如下图提示,执行命令:yum -y install gcc gcc-c++ automake autoconf
10.2 未发现PAM库路径
如下图提示,执行命令:find / -name libpam.so*,可确认系统中是否存在pam库,并且能够确认路径,然后在configure配置的--with-pam_dir=/lib64
10.3 启动slurmdbd日志报错
在交互式调式结束后,结束slurmdbd进程。然后直接启动时,从slurmdbd的日志报错如下图所示:
10.4 节点状态DOWN
在完全配置成功之后,节点启动了slurmd,但是通过sinfo看到的节点状态始终为down。同步了节点时间,关闭节点防火墙和selinux均为解决问题。
最后通过查阅官方的FAQ,详细的FAQ地址:https://slurm.schedmd.com/faq.html。最后把slurm.conf中的ReturnToService=0改为ReturnToService=2解决
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