一、分割 fasta 文件

效果：对 fasta 文件进行分割，每个 > 的序列作为一个文件保存，并以 > 后的字符作为文件名。

# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on Fri Jul 17 09:00:59 2020@author: dujidan
"""
import sysfile_fasta = sys.argv[1] #fna 文件
out_path = sys.argv[2]  # 输出路径f_fa = open (file_fasta) flag = True
while flag is True:line_fa = f_fa.readline()if line_fa.startswith('>'):#name = line_fa.replace('\n','').replace('>','').replace('|','-').replace('/','_').replace('/','_').replace(' ','_')name = line_fa.replace('>','')f_out = open(out_path + "'" + name.split(' ')[0] + ".fna'",'w')f_out.write(line_fa)else:f_out.write(line_fa)if not line_fa :flag = Falsef_out.close()
f_fa.close()

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