【生信进阶练习1000days】day6-OrganismDb packages
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- OrganismDb packages
OrganismDb packages
OrganisamDb packages是汇总了相应物种的OrgDb, TxDb和 GO.db的元数据包,它允许各个包之间的交叉查询。
我们可以使用之前提到的函数 select()
, mapIds
,transcripts
等等 对包中注释内容进行提取
library(Homo.sapiens)
Homo.sapiens
#> OrganismDb Object:
#> # Includes GODb Object: GO.db
#> # With data about: Gene Ontology
#> # Includes OrgDb Object: org.Hs.eg.db
#> # Gene data about: Homo sapiens
#> # Taxonomy Id: 9606
#> # Includes TxDb Object: TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
#> # Transcriptome data about: Homo sapiens
#> # Based on genome: hg19
#> # The OrgDb gene id ENTREZID is mapped to the TxDb gene id GENEID .
OrganismDb packages还有几个特点
- 可更新 - 这样会更改TxDb对象
columns
和keytypes
函数在抽取数据时,会横跨所有的底层对象- 使用
columns()
函数提取TxDb
包中的数据
head(genes(Homo.sapiens, columns = c("ENTREZID","ALIAS","UNIPROT")),4)
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