If you are worried about leaving out covariates you could regress out them first and analyse the residuals against the Snps.
在实验设计中,协变量是独立变量,实验者不能操纵,但仍影响实验结果。
我想知道温度对于降水量的影响,但是海拔高度、经纬度、当地湿度等变量也会影响降水量。那么,在我的研究中,温度就是自变量,降水量是应变量,而海拔高度、经纬度和当地湿度就是协变量。

Analysis of Covariance (ANCOVA) easily explained

Analysis of Covariance (ANCOVA) with Two Groups

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