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生物大分子计算机模拟

1 绪论(Introduction )

主讲：张志勇(Zhiyong Zhang )

zzyzhang@

电话(Tel )

课件下载地址：

/~zzyzhang

Three ways to “do” sciences

Experimental Theoretical

Computational

Computational sciences have been expanding rapidly

1) Complexity of problems and amount of experimental data are

both increasing rapidly;

2) Computational resources are now widely available;

3) More researchers trained to work with computation;

4) A positive feed-back loop between 1) and 2/3) .

Bridge different levels of knowledge

Before computer simulation:

microscopic data and theory

approximate analytical theories

measurable properties in real experiments

Computer simulation:

microscopic data and theory

computable microscopic model

”exact” computer experiments

”measurable” properties in computer experiments

measurable properties in real world

Advantages

It is often easier to handle complexity in silico than

in real world.

a) Truly controllable experimental context

b) Easier decoupling of compounding factors

c) Lower costs

计算生物学分支

1. 从计算细胞生物学到计算系统生物学

Computation on systems data: physiology

2. 从计算分子生物学到生物信息学

Computation on 1D data: sequence

3. 从计算化学到大分子体系的计算机模拟

Computation on 3D data: structure and dynamics

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