AlphaFold2预测蛋白、肽结构网站简易版教程
- 最近AlphaFold因为预测蛋白质结构准确率之高,并在7月于nature上发表论文,公开AlphaFold2源代码之后着实火了一把。这种能站在巨人肩膀上干活的人都在跃跃欲试。简易版AlphaFold2使用方法来了,记录一下。
b站作为年轻人最常使用的软件,流量会让资源越来越丰富,对于懒癌患者的小象,着手研究AlphaFold使用方法的第一反应是去b站找教程。b站也很给力:
AlphaFold2三分钟手把手教学(用DeepMind 预测蛋白质折叠结构)-up主“丸子的科学家探索”
该视频演示了蛋白质结构预测的流程。
也公布了预测的网站:
https://colab.research.google.com/github/sokrypton/ColabFold/blob/main/AlphaFold2.ipynb
But谷歌浏览器打不开,打不开的原因你们懂的。但问题总有解决的办法。如果需要可私信。
解决浏览器问题之后,再打开AlphaFold2预测网站,跟随着b站视频预测就好了
我预测了一个FAGDDAPRA序列
预测时间大概在5分中左右,可能是因为序列太短了,导致评分都不高
结构如下
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