imagej得到灰度图数据_用ImageJ处理空间成像数据
我们经常看到Visium 空间转录组报告中有图像数据,那么它是怎么得的呢?今天给大家演示一下用ImageJ来处理空间图像数据,尽管这只是ImageJ众多功能中的一个。
ImageJ是由 National Institutes of Health(NIH)开发的一款基于 java的图像处理软件,在科研中应用极为广泛。这款软件是开源免费的,同时前人已经开发出了许多针对不同需求的插件,可以直接安装调用。
图像切割
一般我们成像得到的是tif格式的图像,一开始的边缘或者切片并不规整,需要切割修正,如下几种情况:
处理的方法很简单:File-Open- 矩形框选择图像-Image-Type-RGB Color ,再来一次Image-Type-Crop即可。这里需要注意需要做RGB Color 。
背景校正
由于染色深浅不同,可能影响组织识别或者影响空间可视化,如组织染色太红,而很多工具绘制基因表达量是以红色为高表达,背景太红,会形成干扰。这时候可以选择对图形做背景校正,具体步骤如下:
效果如下:
处理后需要跑spaceranger需要将数据图片存储为TIFF格式,TIFF是唯一一种(除了“raw”原始格式)支持所有ImageJ的数据格式(8-bit、16-bit、32-bit 浮点型和RGB)以及唯一支持空间和密度标定数据的格式。除此以外,选区和Overlay也存储在TIFF文件的header中。
ImageJ的教程如Seurat一般丰富,ImageJ实用教程汇总中安装讲到了插件开发,可以说比官网教程还要用心了。
图像数据是空间表达数据的重要组成部分之一,好在我们在图像数据分析中已经积累了一些算法与工具。具体来看ImageJ可以做哪些工作:
荧光照片的合并、分割
比例尺的批量添加
图像基本信息的获取
图片序列转GIF和视频
快速区域选取
明场图片白平衡
角度测量
背景校正
自动图片拼接
图像标注
电镜上色
轴向光照不均校正
伪彩与Calibration bar的添加
视频剪辑与制作
荧光比率图的制作
这里只截取了图像基本分析,更多分析可以看官网或者教程,注意,不是说要把ImageJ的所有功能都用一遍!!!
如果你对空间表达数据感兴趣,可以看看:
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