西药数据库 DrugCentral介绍及使用方法
在网络药理学研究中,通常需要查询西药的靶标等信息。大家用DrugBank数据库比较多。这里介绍一个新的西药数据库DrugCentral. 它的网址是:
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DrugCentral是由美国新墨西哥大学与 Illuminating the Druggable Genome (IDG)项目合作创建和维护的在线药物信息资源。数据库提供有关活性成分、化学实体、药物产品、药物作用机制、适应症、药理功能方面的信息,包含FDA(U.S. Food and Drug Administration)、EMA(European Medicines Agency)和PMDA(Japan Pharmaceutical and Medical Devices Agency)批准的药物并定期更新。DrugCentral于2016年上线,2018年进行了升级。
数据库中药物作用机制信息来自若干专家注释的资源:ChEMBL数据库、Guide to Pharmacology , KEGG Drug, 以及人工从文献和药物标签提取。药物功能信息搜集自 Anatomical Therapeutic Chemical (ATC) 药物分类系统, the FDA Established Pharmacologic Class (EPC) , Medical Subject Headings (MeSH),Chemical Entities of Biological Interest (ChEBI) ontology. 对2012年以前批准的药物,适应症信息来自OMOP 词汇;2012年以后批准的药物,适应症信息来自药物标签并对应到SNOMED-CT概念.
数据库包含的内容和它们之间的关系见下图。
2018年升级版加入了FDA不良事件报告系统(FAERS)信息,FDA橙皮书信息,L1000基因转录谱的距离/相似性矩阵和估计的质子化常数。
下面介绍DrugCentral的使用方法。
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