WDL - 验证语法
WDL附带了一个名为wdltool
的实用工具包 ,其中包含语法验证功能。
为了验证我们的wdl语法,我们只需调用validate
函数在我们的脚本上:
$ java -jar wdltool.jar validate myWorkflow.wdl
此函数解析WDL脚本并提醒我们注意任何语法错误,例如缺少大括号、未定义变量、缺少逗号等等。它将解析导入,但请注意,它无法识别错误,例如命令的键入、指定错误的文件名或未能为在工作流中运行的程序提供所需的输入。
示例:如果调用引用不存在的任务,则出错:
$ java -jar wdltool.jar validate myWorkflow.wdl
ERROR: Call references a task (BADps) that doesn't exist (line 22, col 8)
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