【Pyradiomics】提取的影像组学特征值不正常(很多0和1)
用Pyradiomics提取的影像特征很多都是0和1(下图excel表),这样看起来不太正常,可能也会影响建模结果。
原因是归一化的问题。需要修改参数文件*.yaml。
如果设置了归一化 normalize: True(或者自己进行归一化),那么灰度值范围在0-1之间,此时如果设置了binWidth: 32(其他值也一样),那么就会产生以上情况。这是因为程序会将灰度值按每间隔32归为1个bin,也就是0-32归为1个灰度级,依次类推。
所以有两种解决方法:
1. binWidth: 32 改成 binCount: 32 (不管灰度范围,规定最后只有32个灰度级,这个方法程序会报警告但也无所谓,只是Pyradiomics的作者觉得用binWidth更好,很多文章也是用的binCount)
2. 同时设置:
normalize: True
normalizeScale: 1024 (其他值也可以)
binWidth: 32
这两种方法的讨论可以参考文档:https://pyradiomics.readthedocs.io/en/latest/faq.html?highlight=binCount#what-about-gray-value-discretization-fixed-bin-width-fixed-bin-count
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