Gromacs安装教程及一些思考
写这篇博客目的当然不是只安装一下GROMAC，而是想借这个机会思考一下认知的问题。
想起来刚上研究生的时候，要在Linux服务器上安装这个软件，当时费了好大劲，各种求助师兄，虽然安装好了，但当时的我其实没有和好的理解这个过程。这导致后面的后处理算法也没有精深，只是在师兄的代码上进行一些改动。这次就借这个机会重温一下这个过程，了解一下当了解一个新的东西时，我们要做多少功课才能相对比较全面深入的了解这个问题。
gromacs下载地址：https://manual.gromacs.org/documentation/
gromacs官方安装指南：https://manual.gromacs.org/documentation/2021.5/install-guide/index.html
整个过程在阿里云服务器下进行。
最简单的安装方法
按照官方教程：
tar xfz gromacs-2021.5.tar.gz
cd gromacs-2021.5
mkdir build
cd build
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
make
make check
sudo make install
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC
只要按照这些命令，就可以将gromacs安装好。
当然如果你要定制化安装，那就要更加详细的了解gromacs了。
我们需要了解下面的东西：
支持的平台
不同编译器及版本
并行计算
GPU
MPI
cmake
Fast Fourier Transform library
FFTW
MKL
大概了解了这些之后，我们就要了结合这些了解和cmake来定制化我们的安装过程。
如果对应到上面的安装命令，那就是对下面这句命令进行适应性更改：
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/marydoe/programs
如果发现cmake找不到一些库文件和头文件，可以使用下面的参数：
CMAKE_INCLUDE_PATHfor header filesCMAKE_LIBRARY_PATHfor librariesCMAKE_PREFIX_PATHfor header, libraries and binaries (e.g./usr/local).
cmake .. -DGMX_GPU=CUDA -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda
如果不是Nvdia的显卡，是AMD或者Intel的显卡，我们就不能使用CUDA了，这时我们可以使用OpenCL来加速。可以使用下面的命令：
cmake .. -DGMX_GPU=OpenCL
cmake .. -DGMX_GPU=OpenCL -DGMX_OPENCL_NB_CLUSTER_SIZE=4
cmake .. -DGMX_GPU=OpenCL -DclFFT_ROOT_DIR=/path/to/your/clFFT -DGMX_EXTERNAL_CLFFT=TRUE
一般来说，gromacs的安装都是使用的动态链接，如果你想使用静态链接，那可以参考下面的使用方法。
- To link GROMACS binaries statically against the internal GROMACS libraries, set
-DBUILD_SHARED_LIBS=OFF. - To link statically against external (non-system) libraries as well, set
-DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON. Note, that in generalcmakepicks up whatever is available, so this option only instructscmaketo prefer static libraries when both static and shared are available. If no static version of an external library is available, even when the aforementioned option isON, the shared library will be used. Also note that the resulting binaries will still be dynamically linked against system libraries on platforms where that is the default. To use static system libraries, additional compiler/linker flags are necessary, e.g.-static-libgcc -static-libstdc++. - To attempt to link a fully static binary set
-DGMX_BUILD_SHARED_EXE=OFF. This will prevent CMake from explicitly setting any dynamic linking flags. This option also sets-DBUILD_SHARED_LIBS=OFFand-DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ONby default, but the above caveats apply. For compilers which don’t default to static linking, the required flags have to be specified. On Linux, this is usuallyCFLAGS=-static CXXFLAGS=-static.
这次重新看gromacs的安装过程，发现如果想要对gromacs有一个非常深入的理解的话，那需要有不错的计算机基础（果然计算机是YYDS）。
为了内容的完整性，在安装完gromacs之后，我们安装惯例来对gromacs的使用进行一点了解。
gromacs User guide官方地址：https://manual.gromacs.org/documentation/2021.5/user-guide/index.html
gmx -version
来测试一下是否正确安装了gromacs。以我的为例，我在键入gmx -version之后，显示的信息如下：
:-) GROMACS - gmx, 2021.5 (-:GROMACS is written by:Andrey Alekseenko Emile Apol Rossen Apostolov Paul Bauer Herman J.C. Berendsen Par Bjelkmar Christian Blau Viacheslav Bolnykh Kevin Boyd Aldert van Buuren Rudi van Drunen Anton Feenstra Gilles Gouaillardet Alan Gray Gerrit Groenhof Anca Hamuraru Vincent Hindriksen M. Eric Irrgang Aleksei Iupinov Christoph Junghans Joe Jordan Dimitrios Karkoulis Peter Kasson Jiri Kraus Carsten Kutzner Per Larsson Justin A. Lemkul Viveca Lindahl Magnus Lundborg Erik Marklund Pascal Merz Pieter Meulenhoff Teemu Murtola Szilard Pall Sander Pronk Roland Schulz Michael Shirts Alexey Shvetsov Alfons Sijbers Peter Tieleman Jon Vincent Teemu Virolainen Christian Wennberg Maarten Wolf Artem Zhmurov and the project leaders:Mark Abraham, Berk Hess, Erik Lindahl, and David van der SpoelCopyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
Copyright (c) 2001-2019, The GROMACS development team at
Uppsala University, Stockholm University and
the Royal Institute of Technology, Sweden.
check out http://www.gromacs.org for more information.GROMACS is free software; you can redistribute it and/or modify it
under the terms of the GNU Lesser General Public License
as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
of the License, or (at your option) any later version.GROMACS: gmx, version 2021.5
Executable: /usr/local/gromacs/bin/gmx
Data prefix: /usr/local/gromacs
Working dir: /code/gromacs-2021.5/build
Command line:gmx -versionGROMACS version: 2021.5
Precision: mixed
Memory model: 64 bit
MPI library: thread_mpi
OpenMP support: enabled (GMX_OPENMP_MAX_THREADS = 64)
GPU support: disabled
SIMD instructions: AVX_512
FFT library: fftw-3.3.8-sse2-avx-avx2-avx2_128-avx512
RDTSCP usage: enabled
TNG support: enabled
Hwloc support: disabled
Tracing support: disabled
C compiler: /usr/bin/cc GNU 9.3.0
C compiler flags: -mavx512f -mfma -Wno-missing-field-initializers -fexcess-precision=fast -funroll-all-loops -O3 -DNDEBUG
C++ compiler: /usr/bin/c++ GNU 9.3.0
C++ compiler flags: -mavx512f -mfma -Wno-missing-field-initializers -fexcess-precision=fast -funroll-all-loops -fopenmp -O3 -DNDEBUG
可以看到这些信息包括了开发人员（感谢），gromacs软件版本，安装目录，以及对一些库的支持情况，C/C++编译器版本等。这时我们可以知道我们的gromacs安装成功了。
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JDK下载与安装教程 2017年06月18日 22:53:16 Danishlyy1995 阅读数:349980 版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载. https://blog.csd ...
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