使用python脚本结合Excel筛选功能对BSA结果进行候选基因筛选

拟解决问题-对BSA返回结果数据进行筛选获得候选基因

BSA返回的测序文件，将两个文件的SNPindex值与基因注释结合起来，这样就能直接使用Excel的筛选功能找到候选基因ID。两个.xlsx文件，比如Delta-SNPindex.xlsx和exonic_variant_function.xlsx

pd.merge(df1, df2, how = ‘inner’, on = [‘col1’， ’col2’ ‘col3’], indicator = True )

使用代码如下

该处使用的url网络请求的数据

import pandas as pd#导入excel文件
filepath1 = "E:\yB\Delta_SNPindex.xlsx"
filepath2 = "E:\yB\exonic_variant_function.xlsx"
df1 = pd.read_excel(filepath1, sheet_name = 0)
df2 = pd.read_excel(filepath2, sheet_name = 0)#使用merge命令对符合条件的内容合并
m_12 = pd.merge(df1, df2, how = 'inner', on = ['CHROM', 'POS', 'REF', 'ALT'], indicator = True)#DataFrame导出为excel
m_12.to_excel("E:\yB\m_12.xlsx")

该处使用的url网络请求的数据

随后直接对合并的m_12.xlsx进行筛选即可。
说到BSA筛选，想要分享一下自己进行筛选时使用的标准：
**
1.SNPindex_mt = 1,deltaSNPindex >=0.5;
2.REF = G,C;ALT = A,T;去除G -> T, C -> A;
3.去除synonymous
4.加上splcing
**
这种标准如果有问题，还希望大佬给点建议，谢谢！

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