R绘图-KEGG功能注释组间差异分面条形图

一、数据准备

KEGG功能注释的差异分析结果绘图。使用的是经过Pairwise Mann–Whitney U-tests检验的处理间class II功能丰度差异结果数据，包含class I作为分面信息进行条形图绘制。

library(ggplot2)
library(ggsci)
library(ggpubr)
library(scales)# 1.1 读入数据
data = read.csv("KEGG.csv",header=TRUE,sep=",",stringsAsFactors = FALSE)
dim(data) # 44个classII
data$Class2 = factor(data$Class2,levels = data$Class2[1:44]) # 设置class II数据因子水平
head(data)# 1.2 数据格式转换-“宽”转“长”
library(tidyr)
colnames(data) = c("Class2","Class1","mean","sd","mean","sd","p.adj") # 将CK与PT的均值和标准差的列名设置为一样，后续才能按行合并。
data = rbind(data.frame(data[,c(1:4,7)],group = rep("CK",time =44)),data.frame(data[c(1,2,5:7)],group = rep("PT",time=44))) # 按行合并CK和PT的mean和sd，并添加分组信息列。
head(data)
dim(data)
# 1.3 数据过滤，只保留具有统计学意义(p.adj<0.05)的功能
data = data[data$p.adj <

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