aBIOTECH | 中山大学徐锦课题组综述 scATAC-seq 数据分析方法

ATAC-seq 能够利用 Tn5 转座酶在全基因组范围内鉴定染色质开放区域，是研究表观遗传调控的有力工具。随着单细胞技术的不断发展，我们能够在单细胞水平研究染色质可及性，但相比于scRNA-seq，scATAC-seq 的数据十分稀疏且充满噪音，其分析往往需要不同的方法。目前对scATAC-seq数据分析进行全面介绍的综述寥寥无几，不利于scATAC-seq技术的进一步应用。

近日，中山大学徐锦课题组在aBIOTECH 杂志上发表了题为"Fundamental and practical approaches for single cell ATAC-seq analysis " (点击题目查看原文)的综述论文，为 scATAC-seq 数据处理与分析提供了实用指南，介绍了包括数据预处理、数据质量评估、染色质图谱分析和针对具体科学问题的下游分析方法。

综述中除了对染色质图谱和转录调控分析方法的介绍以外，同时介绍了如何利用细胞类型特异的顺式调控元件信息，探究非编码区域突变在生理和疾病中的作用，以及如何利用 scATAC-seq 数据中的遗传信息推测细胞中拷贝数变异和进行细胞谱系追踪。

该研究得到了国家自然科学基金和广东基础与应用基础研究基金等相关经费的支持，中山大学生命科学学院施佩瑜为论文的第一作者，中山大学中山医学院聂雅阁、中山大学生命科学学院杨嘉文、张卫星和唐钟杰共同完成了文章的撰写，中山大学生命科学学院徐锦为论文的通讯作者。

作者简介

徐锦，中山大学2019“百人计划”引进人才，生命科学学院教授。主要研究方向为基因表达在演化、发育和疾病中的调控机制。以计算生物学和基因组学为手段，研究和探索了包含表观遗传学修饰、转录调控和转录后调控等多个层次的调控机制。在Cell, Nature Genetics, Neuron, eLife等国际专业学术期刊发表多篇论文。研究团队以嗅觉系统为模型，聚焦于探索和解析神经细胞群体间的多样化和个体化的调控机制。

aBIOTECH, a new journal led by Editor-in-Chief Prof. Sanwen Huang, publishes amazing, awesome, and advanced research in all areas of plant biotechnology. All published articles are available at https://www.springer.com/journal/42994.

Indexed in CAB Abstracts, SCOPUS, CSCD, CNKI, Dimensions, EBSCO Discovery Service, Google Scholar, Meta, Naver, OCLC WorldCat Discovery Service, ProQuest-ExLibris Primo, ProQuest-ExLibris Summon, TD Net Discovery Service

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