tRNA 二级结构预测可视化

tRNAdb 收录了来自104个物种的623条tRNA 序列，从数据库中下载对应物种的tRNA 序列和二级结构，以人为例

打开下面的链接 http://trna.bioinf.uni-leipzig.de/DataOutput/Search，物种输入为 human , 然后点击 search database 数据框

在检索结果页面的底部，可以下载对应的tRNA序列和二级结构

选择 Doload FASTAstructure 选项，就会下载对应的文件，序列格式为

>tdbD00000241|Homo_sapiens|9606|Ala|TGC
GGGGGTGTAGCTCAGTGGTAGAGCGCATGCTTTGCATGTATGAGGCCTCGGTTCGATCCCCGACACCTCCA
(((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(.((.......)).).))))))).

类似fasta 序列，只不过在序列之后，还有一行信息，描述了RNA的二级结构；

利用 http://rna.tbi.univie.ac.at/forna/ 在线工具对tRNA的二级结构进行可视化

点击左上角的Add Molecule 下拉菜单，选择Add Sequence and Secondary Structure 选项

在弹出的对话框中，输入对应的序列和二级结构信息

点击Submit 按钮，就会生成如下所示的图，还有选多的选项可以调整图片，就不一一赘述了

生成的图片支持导出SVG, png等格式；到此，大功告成！

tRNA 二级结构预测可视化相关推荐

牛逼！百度大佬深度分享AI助力RNA二级结构预测！
在生物学研究领域,传统基于分子.细胞.生理学等传统实验方法很依赖于不断的试错和积累,不仅耗资巨大,周期往往也很长. 随着人工智能时代的到来,深度学习.大数据等创新手段,为生物学研究打开了另一扇窗. 早 ...
使用Vienna RNA进行RNA二级结构预测
现在比较准确,比较流行的RNA二级结构预测软件就是Vienna RNA. 我也是在使用这个软件进行大规模数据的二级结构预测. 可是现在在网上找到的资料,很少有能够清楚地写明在linux本地大型机中怎么 ...
基于双向 lstm 和残差神经网络的 rna 二级结构预测方法
目录结果结论背景结果学习结果和演示预测结果和比较讨论结论材料和方法数据收集和处理摘要背景: 研究表明,rna 二级结构是由配对碱基构成的平面结构,在基本生命活动和复杂疾病中发挥 ...
算法设计与分析 —— 6-6 RNA二级结构预测
tRNAscan-SE 预测tRNA基因
tRNAscan-SE 软件可以根据输入的基因组序列,预测对应的tRNA的基因在线的tRNAscan-SE的链接如下:http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/ 如下图 ...
利用VARNA来画tRNA的二级结构
1 tRNA的结构与功能转运RNA(Transfer RNA),简称为tRNA,是由70~90个核苷酸组成的单链,tRNA的一级结构就是核苷酸的排列顺序,通过折叠形成二级结构,三叶草状.它是在细 ...
【学习笔记】山东大学生物信息学-04 蛋白质结构预测与分析
课程地址:山东大学生物信息学文章目录四.蛋白质结构预测与分析 4.1 蛋白质的二级结构 4.2 蛋白质的三级结构 4.3 三级结构可视化软件 VMD 4.4 计算方法预测三级结构 4.5 三级结构 ...
怎么用计算机技术预测蛋白质结构,蛋白质结构预测及方法介绍一搜索无重复 - 生物科学 - 小木虫 - 学术科研互动社区...
与经验性方法相似的另一种办法是结构规律提取方法,这是更一般的方法.该方法从蛋白质结构数据库中提取关于蛋白质结构形成的一般性规则,指导建立未知结构的蛋白质的模型.有许多提取结构规律的方法,如通过视觉观察 ...
结构预测、功能注释、分子对接 —— 这个网站全包了
今天向大家介绍一个集合了蛋白结构预测.功能注释.cadd等相关功能的在线服务网站: https://zhanggroup.org/ 如下图,左边栏列出了它的所有功能.挑了几个使用频率可能比较高的几个仔 ...

tRNA 二级结构预测可视化

tRNA 二级结构预测可视化相关推荐

最新文章

热门文章