Linux 用的少,经常忘记代码,记录一下。

预处理:把原始文件O每两行拆分成一个文件

split -l 2 O.fasta -d -a 2 A_

**

SHELL 中批量处理文件拼接

**
我有27个A文件,分别与B文件拼接,形成27个C文件

for i in {00..27};       do cat A_${i} B.fas > C_mafft_${i}.fasta;        done

批量MAFFT

 for i in {00..27};      do mafft C_${i}.fasta > C_mafft_${i}.fasta ;     done

SHELL 中拆分文件后,批量处理文件拼接,和mafft相关推荐

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