我是python的新手，在过去的一周里我一直在努力解决这个问题，有人能帮我解决这个问题，这对完成我的项目很有帮助。在

我试着根据给定序列的用户输入进行单一突变及其2,3组合：

输入顺序：&gt；PEACCEL

用户突变输入文件：

E2R

C4W

E6G型#!/usr/bin/python

import getopt

import sys

import itertools as it

from itertools import groupby

def main(argv):

try:

opts,operands = getopt.getopt(sys.argv[1:],'i:m:o:'["INPUT_FILE:=","MUTATIONFILE:=","OUTPUT_FILE:=","help"])

if len(opts) == 0:

print "Please use the correct arguments, for usage type --help "

else:

for option,value in opts:

if option == "-i" or option == "--INPUT_FILE:":

seq=inputFile(value)

if option == "-m" or option == "--MUTATION_FILE:":

conA=MutationFile(value)

if option == "-o" or option == "--OUTPUT_FILE:":

out=outputName(value)

return seq,conA

except getopt.GetoptError,err:

print str(err)

print "Please use the correct arguments, for usage type --help"

def inputFile(value):

try:

fh = open(value,'r')

except IOError:

print "The file %s does not exist \n" % value

else:

ToSeperate= (x[1] for x in groupby(fh, lambda line: line[0] == ">"))

for header in ToSeperate:

header = header.next()[1:].strip()

Sequence = "".join(s.strip() for s in ToSeperate.next())

return Sequence

def MutationFile(value):

try:

fh=open(value,'r')

content=fh.read()

Rmcontent=str(content.rstrip())

except IOError:

print "The file %s does not exist \n" % MutFile

else:

con=list(Rmcontent)

return con

def Mutation(SEQUENCES,conA):

R=len(conA)

if R>1:

out=[]

SecondNum=1

ThirdChar=2

for index in range(len(conA)):

MR=conA[index]

if index==SecondNum:

SN=MR

SecondNum=SecondNum+4

if index==ThirdChar:

TC=MR

ThirdChar=ThirdChar+4

SecNum=int(SN.rstrip())

MutateResidue=str(TC.rstrip())

for index in range(len(SEQUENCES)):

if index==SecNum-1:

NonMutate=SEQUENCES[index]

AfterMutate=NonMutate.replace(NonMutate,MutateResidue)

new=SEQUENCES[ :index]+AfterMutate+SEQUENCES[index+1: ]

MutatedInformation= ['>',NonMutate,index+1,MutateResidue,'\n',new]

values2 = ''.join(str(i)for i in MutatedInformation)

if __name__ == "__main__":

seq,conA=main(sys.argv[1:])

Mutation(seq,conA)

这是我程序的一部分，我把(2，4，6)的R，W，G替换为E，C，E，然后将这些替换的字母存储到名为R的变量中，这个变量包含三行这：在

^{pr2}$

现在，我想把这三个单一突变组合成2和3。

这就像一个系有两个突变，一个系有三个突变。在

示例和预期输出如下：2C

PrAwCEL

PrACCgL

PEAwCgL

3C

PrAwCgL

算法

他是我代码的一部分，所以我将解释我的算法

1.我读了突变文件，其中(E)是氨基酸字母，它是(2)输入序列PEACCEL的位置，第三个字母(R)是E2将成为R

2.因此，首先我从用户突变文件中提取位置和第三个变量，并将它们存储到变量SecNum和MutateResidue(thirdchar)。在

3.然后，我用循环按索引读取一个序列(PEACCEL)，然后无论哪个索引与SecNUm(E2，4，6)相匹配，我将这些序列替换为突变文件(2R，4W，6G)中第三个字符的突变残基

4.最后，我用这条线将变异残基索引与其他残基连接起来：(new=SEQUENCES[：index]+AfterMutate+SEQUENCES[index+1:]

提前谢谢