ncbi查找目的基因序列_NCBI大搜索之目的基因寻踪

NCBI大搜索之目的基因寻踪

最近经常碰到查找目的基因的问题，那今天就讲一下如何利用NCBI数据库查找目的基因！

NCBI(National Center For Biotechnology Information),美国国家生物技术信息中心，分子生物学，生物化学及遗传学领域常用数据库。

下面以人的GAPDH为例教你如何利用NCBI数据库寻找目的基因：

打开NCBI主页，选择需要查询的数据库，以查询基因序列为例，选择”gene”,并在搜索框内输入查询内容，此处以“GAPDH”为例，点击search。

search后出现所有已经report的所有GAPDH序列，以人的GAPDH为例，点击需要查看的基因。

下方打开的对话框为人的GAPDH的基因信息，包含基因序列和氨基酸序列，基因在染色体上的绝对位置，基因在个组中的表达情况等信息。

该基因的转录本信息，SNP信息

基因在各组织中表达情况

该基因文献情况

中间省略很多其他的相关信息

下面是基因的序列信息

其中1.2.3等分别代表的为基因的不同转录本，mRNA我们一般重点关注NM开头的，非编码RNA一般会以NR开头，XM为生物信息预测的转录本信息。

有时文章中还会提到用到的相关自己提交到数据库中的序列。

下面就是如何找到目的基因序列

一般每个基因的转录本1是研究最多的，可以从转录本编号后边的“.几”来判断该转录本更新的次数，更新的次数越多代表该转录本研究的越多，被研究的时间也越早。

可以看到该转录本的信息

可以直接点击左侧的超链接，直接跳转到对应序列位置，并深色显示

还可以直接从序列右上角，进行便捷的序列blast和引物设计

本文仅为个人经验总结，小伙伴有什么好的经验可互相交流学习！！！

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