简单读懂微生物基因组的泛基因组学

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2005年美国科学家Tettelin在对B群链球菌的研究中首次提出泛基因组的概念，指出不同细菌的株系之间存在明显的差异，单一菌株的遗传信息并不能完整代表该种所有的遗传信息。细菌泛基因组分析可以全面地对细菌种内遗传多样性进行研究，探究不同个体间的进化关系，对重要毒力因子的发现、新疫苗设计等具有重要的应用价值。

泛基因组可分为3部分，核心基因组（core genes ），附属基因组（accessory genes）以及特有基因（specific genes）。核心基因组即所有菌株共有的基因，这些基因参与基础生物学过程，如基因表达、能量产生、氨基酸代谢等。附属基因指存在于部分菌株中的基因，这些基因与物种的多样性有关，赋予个体竞争优势。特有基因只存在于某一菌株中，这些基因一般是通过基因水平转移（HGT）而来，通常与该菌株的独特表型特征有关，如对特定环境的适应性，或独特的致病性等。

下面来分享一篇最近发表的利用泛基因组研究不同肺炎链球菌种群的泛基因组和核心基因组异质性的文献：Heterogeneity among estimates of the core genome and pan-genome in different pneumococcal populations。

作者研究了来自全球四个地区（Reykjavik、South ampton、Boston、Maela）健康个体的3121株肺炎球菌。

4个地区数据集的核心基因组比较

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http://www.taodudu.cc/news/show-160613.html

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