GROMACS运行参数整理（一）

Gromacs运行参数中文注释

中文注释仅供参考！！！

1.Preprocessinginclude = ... ; 指定拓扑结构目录
define = ...  ; 预处理控制拓扑文件-DPOSRES ; 位置限制-DFLEXIBLE ; 柔性水代替刚性水2.Run control
integrator =   ; 指定积分算法md ; 蛙跳牛顿积分算法，用于平衡动力学积分steep ; 最陡下降法，用于能量最小化cg ; 共轭梯度法;用于能量最小化（需要双精度，且需先做steep）tinit = ; 模拟开始时刻（仅用于md,sd,bd)dt = ; 积分步长（仅用于md,sd,bd)nsteps = ;积分或能量最小化步数（-1为无穷大）init_step = ; 起始步comm_mode =   ; 质心运动控制Linear ; 限制质心平移Angular  ; 限制质心平移及绕心运动No ; 无限制nstcomm =   ; 质心移动频率com_grps =   ;组质心设定，默认整个体系

3. Energy minimization
emtol = ; 能量最小化收敛值,用于steep
emstep = ; 初始步长，用于steepnstcgsteep = ; 共轭梯度法能量最小化步数4.Output control
nstxout = ; 坐标保存到轨迹文件的频率
nstvout = ; 坐速度保存到轨迹文件的频率
nstfout = ; 力保存到轨迹文件的频率
nstlog = ; log文件更新频率
nstcalcenergy = ;能量计算频率0 ； 从不计算-1 ； 默认，与nstlist更新频率一致
nstenergy = ; 能量保存到轨迹文件的频率，默认100步，必须是nstcalcenergy的倍数nstxtcout = ; 坐标保存到xtc轨迹文件的频率,默认100步
xtc_precision = ; xtc文件精度，默认1000
xtc_grps = ; 保存到xtc轨迹文件的组，nstxtcout需大于0
energygrps = ; 保存能量的组5. Neighbor searching
nstlist = ; 邻近列表更新频率
ns_type = ; 邻近列表搜索算法grid ; 网络搜索simple ; 简单搜索
pbc = ; 周期性边界条件periodic boundary conditionsxyz ; 使用周期性边界条件no ; 没有使用周期性边界条件xy ；仅在xy方向使用周期性边界条件
periodic_molecules = ;  no ：分子是有限的yes :分子是无限的，使用周期性边界条件
rlist = ; 短程邻近列表截断
rlistlong = ; 长程邻近列表截断，需配合双程截断6.Electrostatics
coulombtype =  ; PME;库伦计算方式
rcoulomb =  ; 短程库伦截断7.VdW
VdWtype =  ; 范德华力计算方式  Cut-off ;
rvdw =  ; 短程范德华力截断
DispCorr =  ; 色散校正no ；不修正EnerPres ; 使用长程色散校正能量和压力Ener ；使用长程色散校正能量8.Ewaldfourierspacing =  ; FFT傅里叶变换格点间距，与PME同事使用pme_order =  ; PME插值，默认4表示3次插值

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