ART的安装和简单使用
安装环境
Ubuntu18.10
ART-bin-MountRainier-2016.06.05-Linux64
安装过程
1、从ART - Set of Simulation Tools下载安装包。
https://www.niehs.nih.gov/research/resources/assets/docs/artbinmountrainier2016.06.05linux64.tgz
2将安装包sudo mv
artbinmountrainier2016.06.05linux64.tgz -t /opt
3.然后
cd /opt
tar xzvf artbinmountrainier2016.06.05linux64.tgz
echo "export PATH=\$PATH:/opt/art_bin_MountRainier" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
art_illumina
这里就安装完毕了。
简单试用
输入14kB模拟数据example.fa
art_illumina -ss HS25 -i ./example.fa -o ./paired_end_com -l 150 -f 10 -p -m 500 -s 10 -sam
控制台输出结果为
ubuntu@VM-16-5-ubuntu:~$ art_illumina -ss HS25 -i ./example.fa -o ./paired_end_com -l 150 -f 10 -p -m 500 -s 10 -sam====================ART====================ART_Illumina (2008-2016)Q Version 2.5.8 (June 7, 2016)Contact: Weichun Huang <whduke@gmail.com>-------------------------------------------Paired-end sequencing simulationTotal CPU time used: 0.01The random seed for the run: 1637467638Parameters used during runRead Length: 150Genome masking 'N' cutoff frequency: 1 in 150Fold Coverage: 10XMean Fragment Length: 500Standard Deviation: 10Profile Type: CombinedID Tag:Quality Profile(s)First Read: HiSeq 2500 Length 150 R1 (built-in profile)First Read: HiSeq 2500 Length 150 R2 (built-in profile)Output filesFASTQ Sequence Files:the 1st reads: ./paired_end_com1.fqthe 2nd reads: ./paired_end_com2.fqALN Alignment Files:the 1st reads: ./paired_end_com1.alnthe 2nd reads: ./paired_end_com2.alnSAM Alignment File:./paired_end_com.sam
输出文件如下:
art_illumina_result.png
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