RDKit相关文章汇总
RDKit简介:
RDKit在2000-2006年期间在Rational Discovery开发和使用,用于构建吸收、分布、代谢、代谢、毒性和生物活性的预测模型。2006年6月Rational Discovery被关闭,但该工具包在BSD许可证下作为开源发布。目前,RDKit的开源开发由诺华积极贡献,其中包括诺华捐赠的源代码。
RDKit提供各种功能,如不同的化学I/O格式,包括SMILES/SMARTS,结构数据格式(SDF),Thor数据树(TDT),Sybyl线符号(SLN),Corina mol2和蛋白质数据库(PDB)。子结构搜索; 标准SMILES; 手性支持;化学转化;化学反应;分子序列化;相似性/多样性选择;二维药效团;分层子图/片段分析; Bemis和Murcko骨架;逆合成组合分析程序(RECAP); 多分子最大共同亚结构;功能图;基于形状的相似性;基于RMSD的分子分子比对;基于形状的对齐;使用Open3-DALIGN算法的无监督分子-分子比对;与PyMOL进行3D可视化集成;功能组过滤;分子描述符库;相似图;机器学习等等
RDKit安装:
Linux(CentOS 7_x64位)系统安装RDkit
RDKit相似性图:
RDKit toolkit实战:Generating Similarity Maps
RDKit 描述符计算及可视化:
RDKit toolkit实战:描述符计算及可视化
RDKit分子间RMSD计算:
RDKit:计算不同分子或构象之间的RMSD
RDKit:计算不同小分子构象之间的RMSD
RMSD:通过旋转计算两个分子间的最小rmsd
RDKit分子格式转换sdf转smiles:
基于RDKit的Python脚本:SDF格式转SMILES格式
RDKit小分子聚类:
聚类小分子数据集(基于RDKit的Python脚本)
RDKit形状相似性:
RDKit:运用RDKit计算USRCAT(形状相似性)
RDKit化合物骨架分析:
RDKit:化合物骨架分析
基于RDKit的QSAR模型:
基于Pytorch和RDKit建立QSAR模型
RDKit相关文章汇总相关推荐
- 微信或QQ分享IOS应用时显示“未验证”问题相关文章汇总
微信或QQ分享IOS应用时显示"未验证"问题相关文章汇总 1.IOS官方说明与解决方案 2.QQ互联官方关于此问题的通知 3.QQ互联官方提供的解决方案 4.QQ互联对Univer ...
- Silverlight 2 相关文章汇总
概述 对自己写的Silverlight 2的相关文章做一下汇总,便于大家直接查找.另外,大家如果有关于Silverlight 2方面的问题,也可以在这里提出,我将尽力为大家解答. 一步一步学习Silv ...
- 【汇总】涉及iOSiPhone开发相关文章汇总
此文章汇总本博客中有涉及iPhone开发的相关文章,不定时更新中... 1.NSUserDefaults快速存储数据: http://www.cnblogs.com/ios-wmm/archive/2 ...
- Spring相关文章汇总篇【Spring,SpringBoot,SpringCloud等】
因为Spring框架包含的组件比较多,写的博客内容也比较多,虽然有分专栏但是依然不方便查找,所以专门用一篇文章来记录相关文章,会不定期更新. 一.Spring 1.基础内容 Spring介绍 Sp ...
- 国内 Mono 相关文章汇总
一则新闻<软件服务提供商Xamarin融资1200万美元>,更详细的内容可以看Xamarin的官方博客Xamarin raises $12M to help you make better ...
- Android学习相关文章汇总(持续更新,文章均来自网络,转侵删)
本文主要是记录在使用Android踩坑时的一些有用的文章.以及Android进阶文章等相关链接的记录,并且附带一些简单的备注等.主要用来备忘.方便日后查看.会持续更新 1. AS相关问题 项目第一次g ...
- 持续学习相关文章汇总
本博客包括了最近阅读的持续学习相关论文,会持续更新. 一. 基于动态架构 1. Progressive Neural Networks (2016) 论文原地址 具体分析地址 代码地址 1.1 核心思 ...
- 我爱机器学习网机器学习类别文章汇总
机器学习领域的几种主要学习方式 From Stumps to Trees to Forests KDD-2014 – The Biggest, Best, and Booming Data Scien ...
- 【总结】有三AI所有原创GAN相关的技术文章汇总(2022年8月)
GAN的研究和应用在这几年发展可以说是非常迅猛,无疑是这几年深度学习计算机视觉领域里落地性最酷的技术,包括图像与视频生成,数据仿真与增强,各种各样的图像风格化任务,人脸与人体图像编辑,图像质量提升等. ...
最新文章
- Queue:poll、offer、element、peek
- double compare 0
- ITK:侵蚀二进制图像
- button的OnClick与OnClientClick事件
- 手环升级鸿蒙设备名单,定档6月2日!鸿蒙“首批”升级名单公布,共计11款华为机型!...
- Elementui动态换肤
- 前端到底是自学好还是培训好?
- 为什么我不使用 Web 组件?
- R语言并行计算的原理和案例
- Silverlight学习笔记四BusyIndicator控件(进度条)
- 方舟无限资源服务器,方舟生存进化怎么无限资源
- ZigBee与Android的智能家居控制系统设计
- 使用js打印网页局部图片(内容)
- excel 中英文 显示星期,月份
- 神经元模型 Hodgkin Huxley model
- 高级口译 WordList1
- 指纹识别的原理和方法
- 编包----rpm和deb和ISO目录制作出ISO
- 王叁寿:大数据是传统信息化厂商的掘墓人
- 还在用Swagger?我推荐这款零代码侵入的接口管理神器