OpenMM | PDBFixer 用于蛋白质预处理

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Python=3.8
OpenMM=7.6

PDBFixer 用于蛋白质预处理

导入库

import openmm as mm
import openmm.app as app
from openmm import unit
import pdbfixer

载入数据

fixer = pdbfixer.PDBFixer('data/3poz.pdb')

设置力场

forcefield = app.ForceField("amber14-all.xml", "amber14/tip3pfb.xml")

异质分子（heterogen）的去除

去除蛋

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