gff文件_GFF格式说明
。原始定义见
SONG website
gff
是存文本文件，由
tab
键隔开的
9
列组成，以下是各列的说明：
Column 1: “seqid”
序列的编号，编号的有效字符
[a-zA-Z0-9.:^*$@!+_?-|]
Column 2: “source”
注释信息的来源，比如
”Genescan”
、
”Genbank”
等，可以为空，为空用
”.”
点号代
替
Column 3: “type”
注释信息的类型，比如
Gene
、
cDNA
、
mRNA
等，或者是
SO
对应的编号
Columns 4 & 5: “start” and “end”
开始与结束的位置，注意计数是从
1
开始的。结束位置不能大于序列的长度
Column 6: “score”
得分，数字，是注释信息可能性的说明，可以是序列相似性比对时的
E-values
值或者基因预测是的
P-values
值。
”.”
表示为空。
Column 7: “strand”
序列的方向，
+
表示正义链
, -
反义链
, ?
表示未知
.
Column 8: “phase”
仅对注释类型为
“CDS”
有效，表示起始编码的位置，有效值为
0
、
1
、
2
。
Column 9: “attributes”
以多个键值对组成的注释信息描述，键与值之间用
”=“
，不同的键值用
”;“
隔开，
一个键可以有多个值，不同值用
”,“
分割。注意如果描述中包括
tab
键以及
”,=;”
，
要用
URL
转义规则进行转义，如
tab
键用
%09
代替。键是区分大小写的，以大
写字母开头的键是预先定义好的，在后面可能被其他注释信息所调用。
预先定义的键包括：
ID
注释信息的编号，在一个
GFF
文件中必须唯一；
Name
注释信息的名称，可以重复；
Alias
别名
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