5月6日，国际重要学术期刊《中国科学：生命科学》（SCIENCE CHINA Life Sciences）在线发表了中国科学院上海巴斯德研究所崔杰研究组题为“Virome in Marine Ecosystems Reveal Remarkable Invertebrate RNA virus Diversity”的最新研究成果。

https://www.sciengine.com/publisher/scp/journal/SCLS/doi/10.1007/s11427-020-1936-2

https://doi.org/10.1007/s11427-020-1936-2

　　海洋蕴藏着丰富的资源，具有极大的开发潜力；但海洋生物安全问题同样需要引起更高的重视。海洋中不仅有着许多尚未被发现的动、植物物种，还有着数量更为庞大、种类繁多的微生物。传统的海洋病毒研究多集中在噬菌体为代表的DNA病毒上，对多样性高、基因组不稳定的RNA病毒的遗传多样性、分布特征以及传播模式等均不清楚。

　　无脊椎动物转录组中病毒的病毒分布和多样性：上方的柱状图展示了每个文库中的PE reads数目，不同颜色代表着不同的样品采集地点：东海——红色，黄海——黄色，南海——蓝色，每个文库的名称和宿主的分类在柱状图的顶部展示。下方的柱状图展示了每个文库中发现的病毒种类和数量。

　　崔杰团队从不同海域共采集了3门6纲58种的海洋无脊椎动物样品，并利用宏转录组的测序方法对不同物种的RNA病毒组进行研究。该团队使用改进的生物信息分析方法，鉴定出了涵盖9个病毒家族（Durnavirales、Totiviridae、Bunyavirales、Chuviridae、Picornavirales、Flaviviridae、Hepelivirales、Solemoviridae、Tombusviridae）的363个RNA病毒，其中的315个与已知的RNA病毒相似度较低，被认为是全新的RNA病毒。该团队首次报道了海洋汉坦样病毒，其较陆地汉坦病毒更为古老，因此提出了汉坦病毒可能具有海洋起源的假说。结合基因组结构和统计学分析，该团队展示了丰富的海洋病毒遗传多样性和病毒基因组可塑性，揭示了不同海域间、不同宿主类别间可能存在的病毒传播现象。整体而言，该研究通过解析海洋无脊椎动物RNA病毒组，描绘病毒生态圈，为海洋RNA病毒的起源、进化、传播提供了重要见解。

　　病毒跨宿主传播速率与病毒数目的相关性：横坐标反映了病毒的数量，纵坐标反映了病毒跨宿主传播事件的频率，连线和灰色区域代表了线性回归分析的拟合曲线以及95%的置信区间。

　　硕士研究生张誉译和科研助理陈毅聪为本文的共同第一作者，崔杰研究员为本文的通讯作者。该研究得到国家自然科学基金、中国科学院分子病毒与免疫重点实验室等项目的资助。

文章链接：

http://engine.scichina.com/doi/10.1007/s11427-020-1936-2

来源：中科院上海巴斯德所

猜你喜欢

10000+：菌群分析 宝宝与猫狗 梅毒狂想曲 提DNA发Nature Cell专刊 肠道指挥大脑

系列教程：微生物组入门 Biostar 微生物组  宏基因组

专业技能：学术图表 高分文章 生信宝典 不可或缺的人

一文读懂：宏基因组 寄生虫益处 进化树

必备技能：提问 搜索  Endnote

文献阅读 热心肠 SemanticScholar Geenmedical

扩增子分析：图表解读 分析流程 统计绘图

16S功能预测   PICRUSt  FAPROTAX  Bugbase Tax4Fun

在线工具：16S预测培养基 生信绘图

科研经验：云笔记  云协作 公众号

编程模板: Shell  R Perl

生物科普:  肠道细菌 人体上的生命 生命大跃进  细胞暗战 人体奥秘

写在后面

为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外5000+ 一线科研人员加入。参与讨论，获得专业解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码加主编好友带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。PI请明示身份，另有海内外微生物相关PI群供大佬合作交流。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍未解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。

学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”

点击阅读原文，跳转最新文章目录阅读