DOCK软件测试大乐,LeDock分子对接与虚拟筛选性能评测

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LeDock在Astex Diversity Set以及Kinase 100 set(该测试集针对kinase，包含了100个kinase-ligand复合物)上进行过测试，结果优于Gold(见下图)。

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2014-7-14 00:22 上传

今天读了一篇2009年的文献：“Comparison of Several Molecular Docking Programs: Pose Prediction and Virtual Screening Accuracy”(J Chem Inf Model 2009, 49, 1455)。文章采用了一个包含68个晶体复合物的测试集对DOCK、FlexX、Glide、ICM、PhDOCK以及Surflex进行了评测。该测试集主要基于CCDC和Astex diversity set，并且特意选取了10个kinase complex以及12个nuclear receptor complex。大致看了一下它采用的这个测试集，挑了两个可旋转键比较多因而对接难度也比较大的结构，用LeDock对接了一下，LeDock表示压力不大(见下图)。

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2014-7-14 00:24 上传

文章进一步用DUD(Directory of Useful Decoys)评价了对接软件在虚拟筛选中的性能表现，衡量指标主要是ROC曲线以及富集因子(Enrichment factor)。多数普通用户可能仅仅用分子对接软件预测的结合能来进行虚拟筛选，所以这个性能指标也就具有普遍意义(因为我从来不用对接软件预测的结合能进行筛选，本人对这个颇流行的实践做法持保留意见)。采用DUD测试集来评价分子对接软件以及打分函数(Scoring function)在JChem Info Model杂志上是近几年的一个热点。

LeDock在DUD这个测试集上目前还没有进行过测试。我们有意跟国内的老师或同学就此展开合作(如发文章可作为第一作者或共同通讯联系人)，与目前比较流行的分子对接软件如AutoDock 4.2和Vina等做个比较。

附件是两个晶体复合物用于LeDock的测试文件(PDB code：1BMA和1GLQ)。LeDock的图形界面使用十分简便，鼠标操作，对用户没有计算背景的要求，用户只须定义一个合适的结合口袋。此外不需要如AutoDock那样生成受体的格点文件，也不需要将配体的Mol2文件转换为pdbqt格式。熟悉AutoDock的用户可以拿这两个晶体测试一下，俗话说的好，是骡子是马拉出来溜溜。

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