Li‘s 影像组学视频学习笔记(16)-pyradiomics里的yaml文件

本笔记来源于B站Up主: 有Li 的影像组学系列教学视频
本节(16)主要介绍: pyradiomics的yaml文件参数设置解读

pyradiomics 官网对yaml文件有详细说明：

The three setting types are named as follows:
imageType: image type to calculate features on. is custom kwarg settings (dictionary). if is an empty dictionary (‘{}’), no custom settings are added for this input image.
featureClass: Feature class to enable, is list of strings representing enabled features. If no is specified or is an empty list (‘[]’), all features for this class are enabled.
setting: Setting to use for pre processing and class specific settings. if no is specified, the value for this setting is set to None.
voxelSetting: Settings used to control the voxel-based specific settings. E.g. the size of the kernel used and the background value in the parameter maps.

Note:

Any keyword, such as a customization category or setting name may only be mentioned once.
Multiple instances do not raise an error, but only the last one encountered is used.

Example of a yaml file:

# This is a non-active comment on a separate line
imageType:Original: {}LoG: {'sigma' : [1.0, 3.0]}  # This is a non active comment on a line with active code preceding it.Wavelet:binWidth: 10featureClass:glcm:glrlm: []firstorder: ['Mean','StandardDeviation']shape:- Volume- SurfaceAreasetting:binWidth: 25resampledPixelSpacing:

在setting里
BinWidth的概念：

label:
通常将感兴趣区设置为1

interpolator的种类：

imageType的种类:

featureClass的种类：

拓展知识：
YAML配置文件的写法:参考B站视频

# K：v 表示一对键值对
# 冒号后面是有一个空格的
# 以空格的缩进来代表层级关系，对齐代表的就是同一层级
# 属性和值也是大小写敏感

作者：北欧森林
链接：https://www.jianshu.com/p/7db7190d8a15
来源：简书，已获授权转载

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