分享分析TCGA的数据库—

上回提到TCGA的一个下载数据库UCSC Ｘena数据库：

分享一个TCGA数据库_李京弦的博客-CSDN博客

今天分享一个TCGA分析的数据库——GEPIA，网址是：GEPIA (Gene Expression Profiling Interactive Analysis)

下面我们以一个基因——AURKA为例子，看看这个数据库如何使用。

1. 先看看这个基因的表达谱

选择感兴趣的癌症：

这里我们选择所有癌症：

GEPIA可以TCGA数据库自己的肿瘤组织和正常组织进行比较，也可以匹配GTEX数据库进行比较，关于GTEX的介绍和下载，下次再说。点击plot，来看看结果：

可以看到，AURKA这个基因在多种癌症中是高表达的，高表达且有意义的癌症，会标为红色，低表达的标位绿色。如果研究泛癌的话，这张图就可以放文章里面。

下面再看单个癌症中AURKA的表达：

选择BLCA膀胱癌看看：

左下角可以设置阈值，即logFC和P值，这里选择logFC是1，即如果肿瘤组和正常组中，AURKA的表达变化数超过两倍，就有意义。当然这个条件也可以放宽，比如设置logFC为0.5.

可以看到，AURKA在膀胱癌中是高表达的。

下面看一下AURKA表达和肿瘤分期的情况：

点击Stage plot：

结果没有意义，说明AURKA表达与膀胱癌进展无关。

当然，这只是数据库的结果，如果有自己的数据支持，或者别的数据支持，非要研究这个基因也未尝不可。

下面是多个基因的表达进行比较：

不过这个图不是这么好看。

2. 看预后

左下角可以选择无复发生存和总体生存，还可以选择合适的cutoff值，不过合格cut-off值会删除样本，不太可靠。

选择quatile以后，可以看到，他删除了中间一半的样本。

所以我一般不会选这个确定cut-off值，确定基因最适的cut-off值，请看之前的一篇文章：

选择最适cut-off值的原因及X-tile的使用_李京弦的博客-CSDN博客_xtile怎么得到cutoff值

此外，可以选择某个癌症中与生存有关的所有基因：

3. 看差异表达基因在染色体上的分布

不过这张图没有什么太大的价值，毕竟不知道这些差异表达基因是谁。

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