说到本体论,生信的同学估计第一个想到的就是基因本体论 ( Gene Ontology, GO ) 了,而基因本体论其实也是开放生物医学系统注释(Open Biomedical Ontologies (OBO))下的一个分类项目。今天来说另外一个生物科学数据分析和数据管理本体论——EDAM - Bioscientific data analysis ontology。

背景知识

关于本体论,本体论与生物医学的一些背景知识可以参考隔壁老湿在简书的《学习笔记:本体论与生物医学》一文,或者直接阅读本文章的原文。

这里主要聊一下 EDAM - Bioscientific data analysis ontology

EDAM 是生物医学领域研究 GO 以外的又一个例子,个人最开始是从 Galaxy Project 了解得到,EDAM 在 Galaxy 项目中主要用于解决海量生物医学工具在 Galaxy 平台面板中分类不统一,用户难以查找的难题而被纳入使用。最早在 Galaxy Release 21.09 版本中上线(参考:《Galaxy Release (v 21.09),新的工具面板视图 - 语雀》)。

Galaxy Project - Replace tool panel sections with EDAM

简介

EDAM - Ontology of bioscientific data analysis and data management,是一个全面的本体论,包含了在生物科学数据分析和数据管理(包括计算生物学、生物信息学和生物图像信息学)中广泛存在的既定的、熟悉的概念。EDAM 包括与生命科学中的数据分析和数据管理相关的主题(topics)、操作(operations)、数据类型(types of data)和数据标识符(data identifiers)以及数据格式(data formats)。EDAM 提供了一组包含首选术语和同义词、相关术语、定义和其他信息的概念,组织成一个简单直观的层次结构,以方便使用(见下图)。

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来源:科研星球网站

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