测序结果峰图分析物种鉴定方法1.0

# ITS
ATCATTA| → → →← ← ← GACCTCA|AATCA# LSU
TAACAAGG|TCCCC → → → ← ← ← GAAGAAGCC|

笨办法，仅供参考，后续会有更新！！

ITS

ITS5（正向）ITS4（反向）序列较短，一般可不用进行序列反向互补和序列比对，若出现套峰则要进行序列反向互补和序列比对。

用snapgene打开ab1文件，用记事本打开seq文件。

如下峰图，其碱基序列可直接使用

如下峰图（双峰叠加），需人工读峰图

如下峰图，其碱基序列直接舍弃

在看峰图的同时与如下序列进行比对，修改。

#在测序质量较好的情况下可直接用ITS5进行序列修改和blast。若要更为严谨，可使用ITS4和ITS5两者结合的方式进行比对（如下文中的LSU比对教程)。

编辑测序所得原始碱基序列

# ITS
ATCATTA| → → →← ← ← GACCTCA|AATCA

LSU

LR0R（正向）LR7（反向）序列较长，需要进行序列反向互补和序列比对。

用snapgene打开ab1文件，用记事本打开seq文件。

如下峰图，其碱基序列可直接使用

如下峰图（双峰叠加），需人工读峰图

如下峰图，其碱基序列直接舍弃

在看峰图的同时与如下序列进行比对，修改。

LR7（反向）的ab1文件拖入chromas软件

点击edit中的reverse+complement

序列反向互补如下

复制上图（鼠标放在图中，ctrl+C），粘贴（ctrl+V）到LR0R所在的seq文件，入下图

删去反向互补序列间的空格，如下图

如下图，添加“>”，保存。

把上述文件拖入到bioedit，如下图

出现下图界面

选择accessory application中的clustalw multiple alignment选项

点击run clustalw，再点击ok。

出现如图界面，如图点击。

根据上图用ctrl+F查找，将序列修剪拼接，如下图

编辑测序所得原始碱基序列

# LSU
TAACAAGG|TCCCC → → → ← ← ← GAAGAAGCC|

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