linux 下安装blat软件

blat是一款很经典的比对工具，与blast相比，具有速度快、共线性输出比对结果等优点。但是，blat源码包里面的README文件写得很不清楚，这里，我来提供一份详细的安装文档。

0、下载地址：http://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/

1、解压 blastSrc.zip文件夹，并进入blastSrc；

2、在bash下输入"uname -a"(不要加双引号)查看Linux版本类型，我的机器得到下面信息：

3、我们只需要第2步骤里面类似(i386 i686 sparc alpha x86_64 ppc)信息，针对我的系统，就是x86_64

4、在bash下输入"export MACHTYPE=x86_64"(不要加双引号)并回车

5、新建~/bin/$MACHTYPE文件夹(针对我的机器，就是~/bin/x86_64)，在bash下输入"mkdir ~/bin/x86_64"(不要加双引号)并回车

6、在bash下输入"make"(不要加双引号)并回车

7、将"~/bin/x86_64"加入环境变量export PATH=~/bin/x86_64 8、这样我们就将blat安装好了。注意：第7步最好是将blat的绝对路径写入到~/.bashrc文件中，即在"export PATH="后面插入"~/bin/x86_64:"(不要加双引号)，然后source ~/.bashrc更新环境变量，即可永久使用。上述方法不要求具有root权限，非root用户照样可以使用。 blat的使用教程请参考：http://genome.cse.ucsc.edu/goldenPath/help/blatSpec.html

转载自：http://www.ncrna.net/blat-is-the-software-installation/

转载于:https://www.cnblogs.com/ZHshuang463508120/p/3507837.html

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