扩增子测序查找引物是否去除

#查看引物
zcat Control100A_1.fq.gz |head -n 100|grep CCTACGGG[A/G/C/T]GGC[A/T]GCAG341F  ACTCCTACGGGAGGCAGCAG
806R  GGACTACHVGGGTWTCTAATzcat Control100A_1.fq.gz |head -n 100|grep CCTACGGG[AGCT]GGC[AT]GCAG
zcat Control100A_2.fq.gz |head -n 100|grep GACTAC[^G][AT]GGGTATCTAATCC#引物查找试验
cd 10_ /00data
zcat ERR4029286_1.fastq.gz |head -n 100|grep CCTACGGG[AGCT]GGC[AT]GCAG
zcat ERR4029286_1.fastq.gz |head -n 100|grep CCTACGGG[A/G/C/T]GGC[A/T]GCAG
#反端
zcat ERR4029286_2.fastq.gz |head -n 100|grep GACTAC[^G][AT]GGGTATCTAATC

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